泛基因组学揭示了疾病和阶段特定的模式,这些模式与人类西格体结肠癌中的3PM方法相关

科学领域:

• 蛋白质组学是指蛋白质组学.
• 癌症生物学 癌症生物学
• 分子瘤学分子瘤学

背景情况:

• 西格结直肠癌呈现高死亡率和不良预后.
• 随处化蛋白质和随处化途径越来越多地与结直肠癌的生长和攻击性有关.
• 定量无处不在学提供了对西格状结肠癌分子机制的见解.

研究的目的:

• 为了研究西格结肠癌和对照组织之间的全域因和全域因介导途径的差异.
• 识别差异性无处不在的蛋白质 (DUP) 和它们相关的信号网络.
• 探索DUP作为预测,预防和个性化医学 (PPPM) 的治疗目标和生物标志物的潜力.

主要方法:

• 使用了抗K-ε-GG抗体珠和无标签的定量蛋白质组学来进行无处不在瘤分析.
• 分析了来自癌症基因组图谱 (TCGA) 的100个sigmoid结肠癌样本以及基因表达数据.
• 在DUP上进行了KEGG通路,基因本体学 (GO) 和蛋白质-蛋白质相互作用 (PPI) 网络分析.
• 与差异表达基因 (DEGs) 和蛋白质 (DEPs) 相关联的DUP和评估的整体存活率.

主要成果:

• 在608个DUP中确定了1249个无处不在的部位,用于西格状结肠癌.
• 在KEGG分析中,发现了35个重要的途径 (例如,沙门氏菌感染,糖解,铁).
• GO分析将无处不在与生物过程,细胞组件,分子功能和免疫系统过程联系起来.
• 发现了46个与整体生存相关的DUP,并确定了它们的药物敏感性.

结论:

• 这项研究提出了第一个对西格状结肠癌的差异性无处不在的蛋白质特征.
• 揭示了涉及到无处不在的信号通路网络以及无处不在和基因/蛋白质表达之间的关系.
• 提供了对分子机制的洞察力,并在3P医学框架内确定了个性化癌症治疗的潜在治疗标和生物标志物.