在Streptococcus pneumoniae中野生类型ParC和S79F,S79Y突变的生物信息学分析
1Department of Medical Microbiology, Istanbul Faculty of Medicine, Istanbul University, Istanbul, Turkey. akgund@istanbul.edu.tr.
European review for medical and pharmacological sciences
|August 22, 2023
概括
生物信息学分析显示,Streptococcus pneumoniae ParC中的S79Y和S79F突变改变了蛋白质结构,降低了类结合亲和力. 这些ParC突变与这种细菌的诺隆耐药性有关.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 计算生物学 计算生物学
- 药物耐药性 药物耐药性 药物耐药性
背景情况:
- 昆类抗生素对于治疗链球菌肺炎感染至关重要.
- 帕克蛋白的突变,特别是基诺结合部位的突变,是已知的基诺抗性的机制.
- 了解这些突变的分子基础对于开发有效的治疗策略至关重要.
研究的目的:
- 用生物信息学研究S79Y和S79F突变在Streptococcus pneumoniae ParC对蛋白质结构和功能的影响.
- 阐明这些ParC突变对诺抗生素产生耐药性的机制.
主要方法:
- 使用瑞士模型对野生类型和突变的ParC蛋白质进行同质模型.
- 使用UCSF Chimera进行结构分析和可视化.
- 使用CB-Dock (AutoDock Vina) 进行分子对接研究,以评估结合亲和力.
- 使用蛋白质连接物相互作用分析器 (PLIP) 进行蛋白质连接物相互作用分析.
主要成果:
- 同性学建模表明了物理化学性质的变化,包括S79F和S79Y突变物中的疏水性降低和区域体积增加.
- 分子对接显示,与野生类型 (6.3) 相比,突变物 (S79F:4.9,S79Y:5.0) 的结合得分较低,这表明相互作用较弱.
- 在PLIP分析中,突变的ParC蛋白与醇结合部位之间出现了改变,新形成和消失的结合.
结论:
- 由于S79Y和S79F突变,观察到的ParC蛋白的物理化学性质,形状和结合相互作用的变化解释了对诺的 afinity 减少.
- 这些生物信息学发现支持了与S79F和S79Y突变相关的已记录的类素耐药性Streptococcus pneumoniae.
- 这项研究提供了分子洞察力,了解通过ParC突变调解的诺抗性的机制.
