数字PCR:一种基于分区的应用程序,用于从污水样本中检测和监测SARS-CoV-2
Bhumika Prajapati1, Dalipsingh Rathore1, Chaitanya Joshi1
1Gujarat Biotechnology Research Centre (GBRC), Department of Science and Technology, Government of Gujarat, Gandhinagar, India.
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
|August 22, 2023
概括
使用数字PCR (dPCR) 的废水监测提供了一种敏感且耐抑制剂的方法来跟踪SARS-CoV-2. 这种方法提供了环境样本中病毒的绝对量化,改善了流行病监测.
科学领域:
- 环境科学环境科学
- 分子生物学分子生物学
- 公共卫生 公共卫生
背景情况:
- 基于废水的监测对于具有成本效益的长期流行病监测至关重要.
- 实时定量逆转录PCR (RT-qPCR) 用于SARS-CoV-2定量化,但受到抑制剂和依赖标准的限制.
- 数字PCR (dPCR) 提供绝对量化,更高的抑制剂耐受性和对环境样本的敏感性增加.
研究的目的:
- 提出一种数字PCR (dPCR) 方法来检测和量化废水中的SARS-CoV-2.
- 突出dPCR与RT-qPCR在环境病原体监测中的优势.
主要方法:
- 使用基于PEG和NaCl的优化协议的病毒度.
- 通过CDC批准的N1 + N2试验进行核酸提取和量化.
- 使用MS2菌体作为过程恢复控制.
主要成果:
- 在下水道棚样本中,dPCR方法成功检测和量化了SARS-CoV-2.
- 该协议显示对废水中存在的抑制剂具有很高的耐受性.
- 实现了绝对量化,超越了传统方法的局限性.
结论:
- 数字PCR (dPCR) 是一种强大的技术,用于对新出现的病原体进行环境监测.
- 这种优化的dPCR协议提高了基于废水的SARS-CoV-2监测的可靠性和敏感性.
- 该方法对于未来的流行病防控和管理策略至关重要.
