RT-Ensemble Pred:一种用于在不同的LC-MS系统上预测代谢物的保留时间的工具
Biying Chen1, Chenxi Wang1, Zhifei Fu1
1State Key Laboratory of Component-based Chinese Medicine, Haihe Laboratory of Modern Chinese Medicine, Tianjin University of Traditional Chinese Medicine, 10 Poyanghu Road, Jinghai, Tianjin 301617, PR China.
Journal of chromatography. A
|August 23, 2023
概括
这项研究介绍了RT-Ensemble Pred,这是一个用于预测液态染色体质谱法 (LC-MS) 中代谢物保留时间的集合模型. 该模型有效地处理不平衡的数据,改善各种化合物和色谱方法的预测准确性.
科学领域:
- 分析化学 分析化学
- 计算化学的计算化学
- 代谢学 代谢学 代谢学
背景情况:
- 液体染色学-质谱学 (LC-MS) 对于代谢物识别至关重要,但保留时间在不同的染色学方法 (CM) 上有所不同.
- 使用在线数据集预测保留时间是具有挑战性的,因为数据量级差异和数据集不平衡,这会对模型性能产生负面影响.
- 定量结构-保留关系 (QSRR) 为预测化学性质提供了一个框架,包括保留时间.
研究的目的:
- 开发一个准确和强大的组合模型 (RT-Ensemble Pred) 来预测各种LC-MS系统中的代谢物保留时间.
- 解决用于保留时间预测的在线数据集中数据不平衡的问题.
- 为研究人员提供可免费下载的工具,以预测代谢物保留时间.
主要方法:
- 一个集合模型,RT-Ensemble Pred,是基于定量结构-保留关系 (QSRRs) 开发的.
- 使用了9个CM中的76,807种代谢物的大型数据集,以及20种额外的化合物进行测试.
- 集体采样被用作一种预处理技术,以减轻不平衡数据的影响.
主要成果:
- 与没有采样方法的模型相比,RT-Ensemble Pred显示出更高的预测准确性.
- 该模型成功预测了培训数据库中不存在的代谢物和新的染色学方法的保留时间.
- 该模型的适用性超越了代谢物,扩展到其他类型的化合物.
结论:
- RT-Ensemble Pred有效地预测LC-MS中的代谢物保留时间,即使对于新型化合物和方法.
- 集体采样是一种可行的策略,用于改进使用不平衡在线数据集的预测模型.
- 开发的工具为代谢学和分析化学的研究人员提供了一个方便的资源.
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