基于结构的虚拟查和体外验证证揭示了SARS-CoV-2螺旋酶和内核酶的新型有效抑制剂
Ibrahim M Ibrahim1, Abdo A Elfiky1, Sara H Mahmoud2
1Biophysics Department, Faculty of Science, Cairo University, Giza, Egypt.
Journal of biomolecular structure & dynamics
|August 24, 2023
概括
研究人员确定了两个新型化合物,90616和CNP0111740,作为潜在的COVID-19抑制剂. 这些分子向关键的病毒蛋白质,显示出有希望的体外疗效对抗病毒.
科学领域:
- 生物化学 生化学
- 计算生物学 计算生物学
- 药理学 药理学是指药理学的学科.
背景情况:
- COVID-19的发病过程涉及病毒RNA由内啡核酶 (NSP15) 处理,并由酶促进复制.
- 识别抑制这些必要病毒蛋白的小分子对于开发新的抗病毒疗法至关重要.
研究的目的:
- 进行基于结构的虚拟查,以识别针对COVID-19非结构蛋白NSP15和helicase的新型化合物.
- 评估已识别的化合物的结合亲和力和体外治疗潜力.
主要方法:
- 采用了层次化的虚拟选方法,评估了来自多个数据库的75万多种化合物.
- 深度学习,对接 (额外的精度和诱导适合),分子动力学和MM-GBSA计算用于化合物过和结合亲和力预测.
- 在体外抗病毒活性使用VERO-E6细胞系进行评估,确定CC50,IC50和选择性指数.
主要成果:
- 两个化合物,90616和CNP0111740,分别表现出对酶 (-66.03 kcal/mol) 和NSP15 (-12.34 kcal/mol) 的高结合亲和力.
- 化合物90616在体外表现出强烈的活性,IC50为5.147μg/ml,高选择性指数为73.73.
- 化合物CNP0111740在体外也表现出有效性 (IC50: 140.176μg/ml),选择性指数为0.73.
结论:
- 化合物90616和CNP0111740代表了COVID-19关键病毒蛋白的新型潜在抑制剂.
- 化合物90616在体外显示出显著的疗效和选择性,需要进一步研究.
- 需要进行额外的体内研究来验证这些已识别的化合物的治疗潜力.
