通过转录基因和蛋白质水平分析在HNSC患者中的新型CAF识别器
Nehanjali Dwivedi1,2, Nidhi Shukla1, K M Prathima3
1Molecular Immunology, Mazumdar Shaw Medical Foundation, Narayana Health City, Bommasandra, Bangalore, Karnataka, 560099, India.
Scientific reports
|August 25, 2023
概括
新的标记物TIMP-1和COL1A2可以帮助识别头和部瘤中的癌症相关纤维细胞 (CAF). 这项研究有助于将CAF与其他细胞区分开来,以更好地了解癌症.
科学领域:
- 在瘤学瘤学.
- 癌症生物学 癌症生物学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 癌症相关纤维细胞 (CAFs) 是瘤进展和耐药性的关键参与者.
- 传统的CAF标志物在CAF亚群和癌症类型中显示出显著的变异性.
- 准确识别CAF对于了解瘤微环境至关重要.
研究的目的:
- 通过使用无偏见的,数据驱动的方法来识别新的,可靠的CAF标记物.
- 为了区分CAF群体与瘤上皮细胞和正常纤维细胞在头部和部状细胞癌 (HNSC).
- 通过实验方法验证潜在的CAF标记物.
主要方法:
- 对公共和内部RNA测序 (RNAseq) 数据的差异基因表达分析,包括单细胞测序.
- 生物信息分析以确定潜在的CAF标记物 (TIMP-1,SPARC,COL1A2,COL3A1,COL1A1) 的存在.
- 使用定量聚合酶链反应 (qPCR),免疫光和免疫组织化学 (IHC) 的实验验验证.
主要成果:
- TIMP-1,SPARC,COL1A2,COL3A1和COL1A1被确定为潜在的CAF标记物.
- 实验验证证证实了TIMP-1和COL1A2在新型CAF细胞中的更高表达.
- 免疫组织化学表明,COL1A2是瘤上皮质和肌层之间差异染色的有希望的标记物.
结论:
- 该研究确定并验证了新的CAF标记物,包括TIMP-1和COL1A2,用于HNSC.
- 使用omics数据的数据科学驱动的方法是有效的识别CAF标记.
- 这些发现可用于识别其他癌症类型中的CAF标记物.
