综合比较转录组和circRNA-lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA调控网络分析确定了与肉牛肌内脂肪含量相关的分子机制

科学领域:

• 动物基因组学 动物基因组学
• 分子生物学分子生物学
• 肉类科学 肉科学

背景情况:

• 肌肉内脂肪 (IMF) 含量是肉牛的关键性质,显著影响肉质.
• 调节IMF和肉牛脂肪代谢的复杂分子机制仍然不完全理解.

研究的目的:

• 确定参与IMF和脂肪代谢的候选信使RNA (mRNA) 和调控RNA.
• 构建一个竞争的内源RNA (ceRNA) 网络,以了解长背最大肌肉 (LDM) 组织中的分子调节.
• 分析五种不同的肉牛品种中的这些机制.

主要方法:

• 来自五种肉牛品种的LDM组织的比较转录基因分析.
• 对竞争的内源RNA (ceRNA) 网络的构建和分析.
• 基因本体学 (GO) 和基因和基因组 (KEGG) 丰富分析的京都百科全书的整合.
• 集群分析以确定关键的监管子网.

主要成果:

• 鉴定了34个环RNA,57个lncRNA,15个miRNA和374个mRNA.
• 检测了7个关键子网,包括16个circRNA,43个lncRNA,7个miRNA和237个mRNA.
• 丰富分析揭示了与IMF相关的重要的GO术语,并确定了关键信号通路 (代谢,,cGMP-PKG,甲状腺激素,催产素).
• 确定MCU,CYB5R1和BAG3作为脂肪代谢的重要候选标记基因.

结论:

• 这项研究为调节IMF和肉牛脂肪代谢的分子机制提供了新的见解.
• 开发的ceRNA网络和确定的候选基因为未来改善肉质的研究提供了基础.
• 跨品种的转录组特征突出显示了对IMF变异的遗传贡献.