全基因组测序以预测 Mycobacterium tuberculosis 耐药性:中国东部的一项回顾性观察性研究

科学领域:

• 基因组学就是基因组学.
• 传染性疾病 传染性疾病
• 分子生物学分子生物学

背景情况:

• 结核病 (TB) 是一种由Mycobacterium tuberculosis (MTB) 引起的重大传染病.
• 准确预测抗结核病药物耐药性对于治疗标准化,改善患者结果和减少传播至关重要.
• 全基因组测序 (WGS) 为传染病分子诊断提供了一个有前途的方法.

研究的目的:

• 评估WGS在使用世卫组织推的基因变异来预测抗结核药物耐药性的潜力.
• 将WGS的基因型耐药性预测与表型药物敏感性测试 (DST) 结果进行比较.
• 评估WGS在检测多种抗结核药物耐药性的表现.

主要方法:

• 从中国江省 (2014-2018) 收集了1105个MTB菌株.
• 执行异化物 (INH),利芬素 (RFP),链杆菌素,乙胺醇,基诺,阿米卡,卡纳米和卡普雷米的表型DST.
• 获取和分析干净的WGS数据,比较基因型和表型结果.

主要成果:

• 对于所有测试的抗结核药物,WGS表现出高特异性 (>90%).
• 对INH (91.78%) 和RFP (82.26%) 的敏感性很好;然而,对于其他药物,它是≤60%.
• 对于大多数药物 (乙醇,莫西素除外),正预测值超过80%,所有药物负预测值>90%.

结论:

• WGS是识别全基因组变异和预测对INH和RFP耐药性的宝贵工具.
• 根据世卫组织推的变种,WGS有效地识别了多药耐药结核病 (MDR-TB) 患者.
• 预测对其他抗结核病药物耐药性的遗传标记需要进一步改进和优化.