一种高效的三重 TaqMan 定量PCR 检测土豆中 Pectobacterium brasiliense 的黑腿引起的血统,基于泛基因组分析
Theo A J van der Lee1, Marga P E van Gent-Pelzer1, Eef M Jonkheer1,2
1Biointeractions and Plant Health, Wageningen Plant Research, Droevendaalsesteeg 1, 6708 PB Wageningen, The Netherlands.
Microorganisms
|August 26, 2023
概括
狄基亚索拉尼 (P. brasiliense) 的致病菌株导致土豆黑腿病. 研究人员在致病菌株中确定了特定的基因,并开发了一种三重TaqMan试验,以有效检测这些土豆病原体.
科学领域:
- 植物病理学 植物病理学
- 细菌学 细菌学是一门学科.
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- *Dickeya solani* (以前是P. brasiliense*) 是一个重要的细菌病原体,负责土豆黑腿 (BL).
- 被D. solani污染的种子批次并不总是导致BL症状,这表明了菌株的变异性.
- 现场生物测试揭示了不同的D. solani*菌株类别:引起BL的和不引起BL的.
研究的目的:
- 要区分D. solani*的导致黑腿和非引起的菌株.
- 为了识别致病性D. solani*菌株的特定遗传标记.
- 开发一种快速有效的诊断工具,用于检测导致黑腿的D. solani.
主要方法:
- 对116种*D. solani*菌株 (15种导致BL,25种非引起BL) 的比较泛基因组分析.
- 在导致BL的菌株中识别独特的基因:一种溶酶抑制剂 (Lprl) 和一种含有TIR域的蛋白质.
- 开发和验证三重TaqMan试验,将通用D. solani检测与导致BL的细菌株的特定检测相结合.
主要成果:
- 编码Lprl和TIR域蛋白的两个基因,仅在特定遗传分类中的引起BL的*D. solani*菌株中发现.
- 三重TaqMan测定允许同时检测D.solani和区分导致BL的菌株.
- 测试结果显示,菌株要么对所有三种目标都呈阳性,要么仅对通用*D. solani*目标呈阳性.
- 在土豆样本中通过差异Ct值检测出导致BL和非引起BL菌株的混合种群.
- 新的BL引起的D.solani血统的出现需要开发额外的特定测试.
结论:
- 遗传标记,Lprl和TIR域蛋白,可以区分致病性D. solani*菌株.
- 开发的三重TaqMan测定方法提供了一种高效和强大的方法来检测导致黑腿的D. solani*.
- 由于新的致病菌系的出现,持续的监测和测试开发至关重要.
