菲律宾达沃地区狂犬病病毒的新兴基因组趋势,2018-2021年
Jessel Babe G Capin1, Angela Jahn C Sanque1, Maria Noreen J Eng2
1Department of Biological Science and Environmental Studies, College of Science and Mathematics, University of the Philippines Mindanao, Davao City 8000, Philippines.
Viruses
|August 26, 2023
概括
达沃地区的基因组监测揭示了新的狂犬病病毒 (RABV) 血统,以及达沃市和邻近省份之间的传播模式的改变. 这凸显了持续基因组监测的必要性,以有效打击狂犬病.
科学领域:
- 兽医病毒学 兽医病毒学
- 公共卫生 公共卫生
- 基因组流行病学 基因组流行病学
背景情况:
- 狂犬病病毒 (RABV) 在菲律宾构成重大公共卫生威胁,需要加强控制策略.
- 到2030年有效消除狂犬病取决于强大的监测系统.
研究的目的:
- 调查达沃地区RABV的进化动力学和植物动力学.
- 通过基因组数据识别新的RABV血统并了解传播模式.
主要方法:
- 适应RABV ARTIC协议的牛津纳米孔高通量测序对资源有限的设置.
- 在2018年6月至2021年6月期间收集的RABV样本的比较基因组分析.
主要成果:
- 在菲律宾确定新的RABV亚种类和以前未报告的血统 (SEA4_B1,SEA4_B1.1,SEA4_B1.1_E1).
- 破坏了以前的植物地理聚类,表明RABV变异的空间分布发生了变化.
- 在达沃市和邻近省份之间检测出重要的RABV传播路线,与早期的城市内传播形成鲜明对比.
结论:
- 持续的基因组监测对于监测RABV遗传多样性,新型菌株的出现和传播途径的转变至关重要.
- 具有成本效益的下一代测序工作流程对于将基因组监测纳入狂犬病控制计划至关重要,特别是在资源有限的地区.
- 跨部门的合作对于建立基因组技术和分析的当地能力至关重要,以有效控制狂犬病.


