生物信息学研究和qRT-PCR验证枢纽基因和转录因子-微RNA反网络在椎间盘退化中
Mingli Liu1, Hao Li1, Zhenxin Huo1
1Graduate School, Tianjin Medical University, No. 22 Qixiangtai Road, Heping District, Tianjin, 300211, China.
Applied biochemistry and biotechnology
|August 26, 2023
概括
生物信息学发现了七个与椎间盘退化 (IDD) 相关的枢纽基因,所有这些基因在患者中表达不够. 一个转录因子-微RNA-枢纽基因网络为IDD分子机制和潜在的治疗提供了洞察力.
科学领域:
- 生物信息学和计算生物学
- 分子生物学分子生物学
- 遗传学 遗传学 是一个
背景情况:
- 椎间盘退化 (IDD) 是背部疼痛的一个重要原因.
- 了解IDD背后的分子机制对于开发有效的治疗方法至关重要.
研究的目的:
- 使用生物信息学分析识别与IDD相关的关键基因 (枢纽基因).
- 通过转录因子-微RNA调节网络探索IDD的分子机制.
主要方法:
- 下载并分析了基因表达综合 (GEO) 数据集 (GSE124272).
- 使用R.的limma包确定差异表达基因 (DEGs).
- 利用搜索工具来检索相互作用的基因/蛋白质和网络分析器来识别枢纽基因.
- 使用Metascape进行了途径和基因本体学丰富分析.
- 使用TRUST,StarBase和TransmiR数据库构建了一个转录因子-microRNA-枢纽基因网络.
- 使用定量逆转录酶PCR (qRT-PCR) 验证的枢纽基因表达.
主要成果:
- 与对照组相比,在IDD患者中确定了521个DEGs (203个下调,318个上调).
- 发现了七个核心枢纽基因,所有这些基因都被发现在IDD中表达不足.
- 通过qRT-PCR证实了这七个枢纽基因的低表达.
- 预测了16个转录因子,针对五个枢纽基因.
- 确定了四种与枢纽基因相关的微RNA和四种调节转录因子的微RNA.
- 建立了一个与IDD相关的TP53-(hsa-miR-183-5p) -CCNB1监管网络.
结论:
- 该研究成功地确定了七个关键的枢纽基因,这些基因与IDD有关.
- 一个新的转录因子-microRNA-Hub基因网络提供了对IDD病变的洞察力.
- 这些发现可能为治疗椎间盘退行症的新治疗策略铺平了道路.
