哈普罗基因组组装揭示了欧树跨物种混合物中的结构变异
Anneri Lötter1, Tuan A Duong1, Julia Candotti1
1Department of Biochemistry, Genetics and Microbiology, Forestry and Agricultural Biotechnology Institute (FABI), University of Pretoria, Private bag X20, Pretoria 0028, South Africa.
我们组装了Eucalyptus grandis和E. urophylla的单基因组,在它们之间确定了48,729个结构变异 (SV). 这为这些重要的森林树木的基因组重组和混合优势提供了洞察力.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 植物生物学 植物生物学
- 林业林业 林业 林业 林业
背景情况:
- 长时间读取的DNA测序使得新阶段 (haplo) 基因组组装成为可能,改善了结构变异 (SV) 检测.
- 树物种及其跨物种混合物对于快速生长的纸木种植园至关重要.
- 结构变异的程度及其对树物种间杂交的影响在很大程度上是未知的.
研究的目的:
- 为了阐明Eucalyptus grandis和E. urophylla基因组之间的结构变异的程度.
- 为了执行这两个树物种的F1杂交的第一个单基因组合.
主要方法:
- 利用纳米孔测序和三组组合方法来进行单基因组组合.
- 采用高密度SNP遗传链接地图,将相邻基因构成伪染色体.
- 在组装的单基因组之间分析了结构变异 (SV).
主要成果:
- 组装了两个单独的单元基因组 (566.7 Mb和544.5 Mb) 与98.0%的BUSCO完成.
- 在每一个单基因组中将88.0%的结合基因分成11个伪染色体.
- 在E. grandis和E. urophylla单基因组之间确定了48,729个结构变异 (SV),其中34.7%的基因受到重排的影响.
结论:
- 这项研究为E. grandis和E. urophylla之间的基因组结构重组提供了第一个详细的见解.
- 了解SV和单种型多样性是调查树中杂交优越性的遗传基础的基础.
- 组装的单基因组和识别的SVs将有助于未来的研究在树繁殖和遗传学.
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