使用无活化的SARS-CoV-2变体作为可行的工具进行实验室间比较,以控制COVID-19废水监测中的质量

科学领域:

• 环境微生物学环境微生物学
• 病毒学 病毒学
• 公共卫生监督是对公共卫生的监督.

背景情况:

• 基于废水的流行病学 (WBE) 有效地监测SARS-CoV-2大流行动态和新兴变种.
• 由于样品净化和PCR分析的实验室工作流程多样化,分散的WBE需要强大的质量控制.

研究的目的:

• 评估SARS-CoV-2基因组复制等效 (GCE) 和分散实验室的变种检测的可靠性和可比性.
• 评估PCR和高通量测序 (HTS) 方法在实验室间WBE分析中的性能.

主要方法:

• 进行了一项实验室间比较,使用的废水样本与不同度的非活化SARS-CoV-2变体进行了比较.
• 参与实验室使用其特定的PCR和HTS工作流程分析样品.
• 报告的病毒基因组拷贝数和变体检测与预期值进行了比较.

主要成果:

• 所有PCR实验室都准确地报告了SARS-CoV-2 GCE的可控变异性,这在很大程度上反映了峰值度.
• 基于PCR的基因型定型显示出预测变异特异性突变的潜力,即使在低度.
• 鉴定HTS变种需要更高的病毒载量 (>100拷贝/毫升) 和足够的基因组覆盖率 (<60%) 才能进行可靠的预测.

结论:

• 分散的SARS-CoV-2 WBE是可行的,可以产生相似的结果,尽管异质的方法.
• 准确的变种检测需要先前评估PCR和测序工作流程.
• 持续的质量控制,包括实验室间比较,是WBE中可靠的变种识别的强制性要求.