评估素在定量等离子体和单细胞蛋白质组学中的作用,以临床应用
Jakob Woessmann1,2,3, Valdemaras Petrosius1, Nil Üresin4,5
1Department of Biotechnology and Biomedicine, Technical University of Denmark, 2800 Kgs. Lyngby, Denmark.
Analytical chemistry
|August 28, 2023
概括
商业素变异影响大规模蛋白质组学. 这项研究评估了八种素,揭示了基于来源和度的性能差异,为基于可重现质谱的研究提供了指导.
科学领域:
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 生物医学质谱法 生物医学质谱法
- 生物化学 生化学
背景情况:
- 底部向上蛋白质组学依赖蛋白质酶,主要是素,用于将蛋白质消化成.
- 大规模的生物医学研究和潜在的临床应用需要了解素的技术影响.
- 试素性能的变化可以在基于质谱的蛋白质组学中引入偏差.
研究的目的:
- 评估商业素变异对自下而上的蛋白质组学的影响.
- 评估素来源,度和储存对实验结果的影响.
- 为优化在大规模蛋白质组学中的素使用提供建议.
主要方法:
- 在不同样本类型 (HeLa溶解物,血,HEK293细胞) 中对八种商业素制剂的评估.
- 在三个LC-MS仪器上应用各种质谱采集方法 (SRM,DIA,DDA).
- 使用无标签和绝对量化,使用重标签标准.
主要成果:
- 在不同的商业试素产品之间观察到显著的差异.
- 素的来源和度被确定为影响消化效率和可再生性的关键因素.
- 在所有测试条件下,没有观察到储存时间的普遍影响.
结论:
- 商业素的变异性是大规模蛋白质组学的关键因素.
- 仔细选择和处理素对于可靠和可重复的结果至关重要.
- 对于未来的生物医学质谱学研究,建议使用素的标准化协议.


