反应式对接:一种用于对反应性物种进行高通量虚拟选的计算方法
Giulia Bianco1, Matthew Holcomb1, Diogo Santos-Martins1
1Department of Integrative Structural and Computational Biology, Scripps Research Institute, 10550 N. Torrey Pines, La Jolla, California 92037-1000, United States.
Journal of chemical information and modeling
|August 28, 2023
概括
这项研究正式制定了反应性对接协议,以预测小分子-宏分子反应. 改进的方法准确地预测了修改后的残留物,并有助于在药物设计中进行虚拟查.
科学领域:
- 计算化学的计算化学
- 结构生物学 结构生物学
- 药物发现 药物发现 药物发现
背景情况:
- 反应性对接协议模拟了小分子和生物大分子之间的反应.
- 现有的应用包括蛋白质组学数据分析,结构反应性优化和虚拟选.
- 该协议模拟了一个接近攻击的形状状态状态,消除了对连接体和受体几何学的量子力学计算的需要.
研究的目的:
- 提出一个通用和正式的反应性对接协议.
- 为了验证协议使用一个大数据集的连接体-目标复合体,残留物类型,和弹头.
- 评估该协议在预测改性残留物和排序反应性联结物的性能.
主要方法:
- 反应式对接协议的正式化.
- 使用400多个连接体-标复合物的数据集.
- 包含8种核友可变残留物类型和30多个弹头.
- 在不需要QM计算的情况下建模接近攻击的形状状态.
主要成果:
- 概括性协议正确预测了大约85%的复合物的修饰残留物.
- 该方法证明了与排名配体的标准聚焦虚拟选可比的丰富因子.
- 在回顾大型蛋白质组学数据集和结构反应性目标优化方面成功应用.
结论:
- 正式化的反应对接协议是建模和预测反应的强有力的方法.
- 该协议的性能支持其在虚拟化学蛋白质组学和药物设计中的使用.
- 这种方法有助于对接和选的反应性连接体用于治疗开发.
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