对来自猪的Pasteurella multocida菌株进行基因组比较分析
Awadhesh Prajapati1, Revanaiah Yogisharadhya1, Nihar Nalini Mohanty2
1ICAR - National Institute of Veterinary Epidemiology and Disease Informatics (NIVEDI), Bengaluru 560064, Karnataka, India.
Genome
|August 28, 2023
概括
印度Pasteurella multocida菌株的基因组测序揭示了关键的毒性因素和广泛的抗菌素耐药性. 这项研究增强了对P. multocida进化的理解,并提供了对猪巴氏菌病控制的见解.
科学领域:
- 基因组学和微生物学
- 兽医传染病 兽医传染病
- 抗微生物耐药性 抗微生物耐药性
背景情况:
- 由Pasteurella multocida引起的猪病导致了全球经济的重大损失.
- 了解P. multocida菌株的遗传构成对于疾病管理至关重要.
- 对于来自猪的印度P. multocida菌株,基因组数据有限.
研究的目的:
- 测序和分析两个印度P. multocida菌株 (血清组D和A) 的基因组草案.
- 调查P. multocida.的泛基组,毒性因子和抗菌耐药性概况.
- 进行遗传学分析,了解猪P.multocida.的遗传多样性.
主要方法:
- 两个印度P. multocida菌株的全基因组测序.
- 对61个P. multocida基因组进行了泛基因组分析.
- 多部位序列类型化 (MLST),LPS基因型化,和家族遗传学分析.
主要成果:
- 测序的基因组揭示了2182-2284个编码序列,并确定了特定的序列类型 (ST50:基因型07和ST74:基因型06).
- 泛基因组分析确定了核心,软核心,外和云基因,所有菌株都存在常见的毒性基因 (例如nanB, ompA, fimA).
- 观察到抗微生物耐药性基因 (四环素,菌素,硫胺) 的高患病率,以及常见的MLSTs (ST50,ST74,ST13).
结论:
- 这项研究描述了猪P. multocida. pangenome中的毒性因素和抗菌素耐药性基因.
- 遗传学分析将菌株分为三个主要组,突出显示了遗传多样性.
- 在血清组D中注意到罕见的LPS基因型7的存在,为P. multocida流行病学提供了新的见解.
