在Bifidobacterium animalis中通过逆转录定量PCR识别新的基因基因以计数殖民地
Yaping Liu1, Wanting Zhong1, Shuo Feng1
1Shanghai Engineering Research Center of Food Microbiology, School of Health Science and Engineering, University of Shanghai for Science and Technology, Shanghai 200093, China.
Journal of dairy science
|August 29, 2023
概括
这项研究使用RNA测序和RT-qPCR.使用Bifidobacterium animalis确定了稳定的参考基因 (rplD和atpA). 这些基因提高了乳制品中殖民地计数的准确性.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 分子生物学分子生物学
- 食品科学 食品科学 食品科学
背景情况:
- 生物菌 (Bifidobacterium animalis) 是一种关键的益生菌,经常被纳入乳制品中.
- 在食品矩阵中精确量化B. animalis对于质量控制和疗效评估至关重要.
- 建立可靠的基因基因对于精确的基因表达分析使用逆转录定量PCR (RT-qPCR) 是至关重要的.
研究的目的:
- 识别和验证稳定的参考基因,以准确分析Bifidobacterium animalis. 的基因表达.
- 评估候选参考基因在发酵乳制品中的殖民地计数应用的适用性.
主要方法:
- 进行全基因组RNA测序,以分析在各种条件下的基因表达变异.
- 根据变异系数值选择了13个候选参考基因,并使用RT-qPCR进行了验证.
- 用BestKeeper,geNorm,NormFinder和RefFinder算法的综合分析来评估候选参考基因的稳定性.
主要成果:
- 基因rplD和atpA被确定为B. animalis最稳定的参考基因,表现优于传统的参考基因.
- 使用rplD和atpA作为参考基因的RT-qPCR分析提供了与16SrRNA相比,发酵脱脂牛奶中的B. animalis殖民地数量更准确.
- 验证的候选参考基因的放大效率在94.16%至126.25%之间.
结论:
- rplD和atpA是基于RT-qPCR的Bifidobacterium animalis.量化高度稳定和可靠的参考基因.
- 经过验证的参考基因为乳制品中的B. animalis更准确的殖民地计数提供了基础.
- 这项研究提高了评估益生菌在食品应用中的分子方法的可靠性.
