深度和快速的无标签的动态器官细胞映射.
Julia P Schessner1, Vincent Albrecht1, Alexandra K Davies1,2
1Department of Proteomics and Signal Transduction, Systems Biology of Membrane Trafficking Research Group, Max-Planck Institute of Biochemistry, Martinsried, Germany.
Nature communications
|August 29, 2023
概括
我们使用数据独立获取 (DIA) -DOMs增强了蛋白质定位映射,实现了更大的深度和精度. 这种改进的空间蛋白质组学工作流程有助于发现细胞表型和理解蛋白质动态.
科学领域:
- 细胞生物学 细胞生物学
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 质谱测量质量谱测量
背景情况:
- 动态器官图谱 (DOMs) 方法提供了蛋白质细胞下定位的全球概况.
- 枪炮蛋白质组学和细胞分离是DOMs工作流程的关键组成部分.
研究的目的:
- 通过数据独立采集 (DIA) 质谱测量来提高DOMs方法的性能.
- 介绍DOM-ABC,这是一个用于分析分析数据的开源软件.
- 应用增强的工作流来研究HeLa细胞中亚细胞局部化的变化.
主要方法:
- 数据独立采集 (DIA) 质谱与DOMs工作流程集成.
- 灵活的地图格式是为了不同的分析需求而开发的.
- 该DOM-ABC软件是为用户友好的数据分析而创建的.
主要成果:
- 在相同的质谱运行时间内,DIA-DOMs使蛋白质分析的深度翻了一番.
- 剖析精度和可重复性得到了大幅度的改进.
- 这项研究确定了一组Golgi蛋白的子集,在细胞条件下通过内分体循环循环.
结论:
- DIA-DOMs代表了一个优越的,没有标签的空间蛋白质组学工作流.
- 这种方法增强了系统的表型发现.
- 工作流准确地预测了蛋白质转位动态.


