好Fibes:一个R包用于从diseCT扫描中检测肌肉纤维
1Department of Biology, Middle Tennessee State University, Murfreesboro, 37132, TN, USA.
Integrative organismal biology (Oxford, England)
|August 30, 2023
概括
GoodFibes是一个新的,免费的R包,可以从可扩散基对比增强计算机断层扫描 (diceCT) 扫描中重建3D肌肉结构. 这个工具提供了可访问的,用于比较研究的肌肉纤维解剖学的自动化分析.
科学领域:
- 比较解剖学的比较解剖学.
- 功能形态学 功能形态学
- 生物成像是一种生物成像.
背景情况:
- 扩散性基对比增强计算机断层扫描 (diceCT) 提供了详细的,非破坏性的肌肉结构数据.
- 肌肉纤维的手动细分是劳动密集型的,现有的自动化方法可能难以获得或昂贵.
研究的目的:
- 介绍GoodFibes,这是一个开源的R包,用于从diseCT图像堆中3D重建肌肉结构.
- 为肌肉纤维分析提供可访问和负担得起的自动化解决方案.
主要方法:
- 好Fibes使用图像灰度值的纹理分析来追踪3D肌肉纤维路径.
- 该包包括用于质量检查,光纤合并以及3D可视化和出口的功能.
- 通过和蝙蝠标本的diseCT扫描来证明它的实用性.
主要成果:
- 好Fibes提供可靠的平均纤维长度测量,与传统方法相比.
- 该软件的有效性与现有的专业软件包相提并论.
- 在各种数据集中成功重建和分析肌肉结构.
结论:
- 好Fibes 提高了使用 diceCT 的肌肉纤维解剖分析的可访问性.
- 通过使光纤指标的直接统计分析,R包促进了比较和进化研究.
- 促进在功能形态学研究中更广泛地采用diseCT.


