在Triticum aestivum中对Puccinia striiformis响应 lncRNAs的全基因组识别和表征
Parinita Das1, Monendra Grover1, Dwijesh Chandra Mishra1
1ICAR-Indian Agricultural Statistics Research Institute, New Delhi, India.
Frontiers in plant science
|August 31, 2023
概括
长非编码RNAs (lncRNAs) 在小麦条纹的抗性中起作用. 研究人员确定了差异表达的lncRNA及其向基因,揭示了小麦持久耐药性的潜在分子机制.
科学领域:
- 植物分子生物学 植物分子生物学
- 遗传学 是一个遗传学.
- 生物技术是生物技术.
背景情况:
- 小麦条纹生,是由*Puccinia striiformis* f. sp. 引起的 三子 (*Pst*),显著降低了全球小麦产量.
- 长非编码RNAs (lncRNAs) 越来越多地被认为是它们在植物发育和应激反应中的调节作用.
研究的目的:
- 为了识别和描述涉及小麦条纹耐性 lncRNAs.
- 通过 lncRNA-miRNA-mRNA 相互作用,阐明了带状抗性的基础分子机制.
主要方法:
- 在接近同位素的小麦系 (耐药的FLW29和敏感的PBW343) 上进行RNA测序 (RNA-seq).
- 生物信息分析用于lncRNA识别和差异表达分析.
- 预测lncRNA-miRNA相互作用和随后的mRNA目标.
- 目标基因的功能注释和候选耐药性因子的识别.
- 半定量PCR验证 lncRNA表达的方法.
主要成果:
- 鉴定了6807个lncRNA转录,其中10个显示了耐药和易受性线之间的差异表达.
- 预计199个lncRNA与65个miRNA相互作用,针对757个不同的mRNA转录.
- 确定了与条纹生抗性相关的候选基因,包括NAC域蛋白和NBS-LRR类蛋白.
- 在lncRNA序列中发现了简单序列重复 (SSR),这对于基因映射有用.
结论:
- 这项研究提供了关于小麦条纹耐性分子机制的见解,其中涉及 lncRNAs.
- 已识别的lncRNA及其标为开发具有强化,持久抵抗条纹的小麦品种提供了潜在的标.
