多模式深度学习方法用于单细胞多omics数据集成的数据集成
Tasbiraha Athaya1, Rony Chowdhury Ripan1, Xiaoman Li2
1Department of Computer Science, University of Central Florida, Orlando, Florida, United States of America.
Briefings in bioinformatics
|August 31, 2023
概括
深度学习方法显示了整合单细胞多omics数据的前景. 本综述对分析复杂的细胞系统和理解生物机制的深度学习方法进行了分类.
科学领域:
- 计算生物学是一种计算生物学.
- 基因组学就是基因组学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 单细胞多omics数据集成对于理解复杂的细胞系统至关重要.
- 深度学习 (DL) 与传统的多学科集成方法相比,提供了更高的性能.
- 缺乏对DL应用在单细胞多omics集成中的系统性审查.
研究的目的:
- 系统地审查多式联网深度学习技术的应用,以实现单细胞多omics数据集成.
- 根据各种标准对现有的基于深度学习的集成方法进行分类.
主要方法:
- 对最近的研究进行了全面的文献审查.
- 在单细胞多组学中总结了不同的数据模式.
- 审查了用于多式联网数据处理的深度学习技术.
- 按数据模式分类集成方法,深度学习架构,融合策略,任务和分析.
主要成果:
- 在单细胞多组数据中识别和总结了各种模式.
- 基于模式,架构,融合,任务和下游分析进行深度学习整合方法的分类.
- 突出了深度学习的潜力,以促进单细胞多omics集成.
结论:
- 深度学习模型为整合多种单细胞多omics数据提供了强大的工具.
- 这种系统的方法有助于更深入地了解细胞异质性和生物机制.
- 未来的研究可以利用这些见解来进行先进的多学科数据分析.
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