基于Tandem质量标签的蛋白质学自动化样品准备工作流程
Dong-Gi Mun1, Neha S Joshi1,2, Rohit Budhraja1
1Department of Laboratory Medicine and Pathology, Mayo Clinic, 200 First Street SW, Rochester, Minnesota 55905, United States.
Journal of the American Society for Mass Spectrometry
|September 1, 2023
概括
使用AccelerOme平台进行蛋白质定量标签的自动化双重质量标签 (TMT) 在效率和准确性方面与手动方法相匹配. 这种自动化工作流为基于TMT的大规模蛋白质组研究提供了可靠的结果和高吞吐量.
科学领域:
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 质谱测量质量谱测量
- 生物技术是生物技术.
背景情况:
- 基于双重质量标签 (TMT) 的等标签对于多重蛋白质量测量至关重要.
- 手动TMT标签工作流程是复杂的,需要高水平,并引入可变性,阻碍广泛采用,特别是在大规模研究中.
研究的目的:
- 为了比较 TMT 标签的 AccelerOme 自动化平台与传统的手动样本处理的性能.
- 评估基于TMT的自动化蛋白质组学的效率,准确性和可重复性.
主要方法:
- 通过使用AccelerOme自动化平台和在细胞颗粒上使用手动协议进行了16个复合体TMT实验.
- 样品使用一次性液体染色学-并联质谱法 (LC-MS/MS) 进行分析.
主要成果:
- 与手动方法相比,自动化平台识别的蛋白质和的数量更高.
- 在自动化和手工过程中,三维消化,化和TMT标签的效率与自动化和手工过程相似.
- 两种工作流程的量化准确度和精度都相似,自动化平台的性能与专家手工准备相当.
结论:
- 基于TMT的蛋白质组学,AccelerOme自动化平台的性能与专家手动样本准备的性能相当.
- 这种自动化工作流提高了可重现性和吞吐量,使其适合大规模的基于TMT的研究.
- 该平台有可能取代手动管道,提高蛋白质量测量的效率和稳定性.


