PaxDb 5.0:精选的蛋白质量化数据表明酵母体中的适应性蛋白质组变化
Qingyao Huang1, Damian Szklarczyk1, Mingcong Wang1
1Department of Molecular Life Sciences and Swiss Institute of Bioinformatics, University of Zurich, Zurich, Switzerland.
Molecular & cellular proteomics : MCP
|September 2, 2023
概括
跨生物体蛋白质丰度 (PaxDb) 数据库5.0版本为170个物种提供了最新的蛋白质丰度数据. 该资源有助于比较分析,并揭示了氨基酸使用的进化趋势.
科学领域:
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 进化生物学 进化生物学
背景情况:
- 蛋白质丰度数据对于理解细胞功能和生物体生物学至关重要.
- 现有的数据库往往缺乏跨不同物种的全面,统一处理的数据.
- 生物体中蛋白质丰度 (PaxDb) 数据库旨在整合这些信息.
研究的目的:
- 描述PaxDb数据库的最新版本5.0的情况.
- 要突出数据整合方法,扩大生物体/组织覆盖范围,以及蛋白质组深度.
- 从数据中获得的比较分析和进化见解.
主要方法:
- 整合各种原始蛋白质组数据集.
- 统一的数据再处理和质量评分.
- 对于跨物种比较的正统学关系计算.
主要成果:
- PaxDb 5.0 版本包括来自 170 个物种的 831 个数据集 (22 个古生物学, 81 个细菌, 67 个真核生物).
- 对人类蛋白质图谱和基因型-组织表达的人类蛋白质组数据进行比较分析.
- 鉴定了菌中含硫氨基酸使用的进化趋势.
结论:
- PaxDb版本5.0是一个有价值的,扩展的资源,用于跨物种蛋白质组比较.
- 该数据库促进了对细胞功能,组织特异性表达和进化模式的研究.
- 对PaxDb数据的分析可以揭示重要的生物趋势,例如氨基酸使用演变.


