在对调节序列的阳性选择的基因组测试中的确定偏差
1Department of Ecology and Evolutionary Biology, University of Michigan, Ann Arbor, Michigan 48109, USA.
bioRxiv : the preprint server for biology
|September 4, 2023
概括
一种用于检测转录因子结合位点 (TFBSs) 阳性选择的新方法可能会高估进化适应. 这项研究揭示了测试中的确定偏差,表明许多先前识别的选择信号是错误的阳性.
科学领域:
- 进化基因组学是进化的基因组学.
- 分子进化的分子进化.
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 基因表达通过cis调节元件的变化对于适应至关重要.
- 检测适应性 cis-regulatory 变化是很困难的,因为缺少一个为正选择的零模型.
- 机器学习的进步使得能够预测转录因子 (TF) 的结合亲和关系,从而促进了检测TF结合位点 (TFBS) 选择的新方法.
研究的目的:
- 评估最近开发的基因组测试,以对TFBS进行阳性选择.
- 调查测试中的潜在偏差,特别是确定偏差.
- 提出和验证减轻已识别的偏见的方法.
主要方法:
- 计算机模拟被用来建模TFBSs的进化动态.
- 该研究分析了确定偏差对选择测试假阳性率的影响.
- 开发了纠正确定偏差的方法,并应用于人类TFBS数据.
主要成果:
- 对TFBS的阳性选择的基因组测试显示了确定偏差.
- 这种偏差导致虚假阳性率膨胀,即使没有实际的阳性选择.
- 偏差校正方法的应用消除了之前报告的大多数积极选择信号.
结论:
- 之前报告的关于高TFBS结合亲缘关系的积极选择信号可能是确定偏差的产物.
- 开发的方法有效地减轻了确定偏差,提供了更准确的TFBS选择评估.
- 通过调整的方法,需要重新评估由 cis-regulatory 变化介导的进化适应.
