细胞类型解和年龄估计使用DNA甲基化揭示肝细胞癌微环境中的NK细胞缺陷
Sidharth S Jain1, Megan E Barefoot1, Rency S Varghese1
1Lombardi Comprehensive Cancer Center, Georgetown University Medical Center, Washington, DC, USA.
Proceedings. IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine
|September 4, 2023
概括
瘤免疫微环境分析显示,肝细胞癌 (HCC) 的自然杀手 (NK) 细胞减少. 这种减少与细胞衰老和表观遗传衰老的增加相关,这表明免疫疗法反应的潜在生物标志物.
科学领域:
- 在瘤学瘤学.
- 免疫学 免疫学 免疫学
- 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
背景情况:
- 免疫疗法已被批准用于肝细胞癌 (HCC),但应答生物标志物有限.
- 描述瘤免疫微环境对于分类HCC和识别预测生物标志物至关重要.
- 了解免疫细胞的组成可以增强治疗策略的HCC.
研究的目的:
- 通过使用DNA甲基化数据,研究HCC中的瘤免疫微环境组成.
- 为了确定HCC瘤和相邻的正常组织之间的免疫细胞群的差异.
- 探索细胞衰老,表观遗传衰老和HCC中的免疫细胞丰富之间的关系.
主要方法:
- 将细胞类型解卷算法应用于来自HCC患者的DNA甲基化阵列数据.
- 利用了两个公共数据集,包括57名与瘤和正常组织样本匹配的患者.
- 采用DNA甲基化"钟"来估计表型衰老,并与衰老标志物进行比较.
主要成果:
- 与正常组织相比,自然杀手 (NK) 细胞的丰度在HCC瘤中显著下降.
- 细胞衰老和表观遗传衰老在HCC瘤中显著增加.
- 年龄加速和衰老的增加与HCC中NK细胞丰度的减少有很强的相关性.
结论:
- 在HCC瘤微环境中,NK细胞的透减少.
- 减少NK细胞的丰富性与HCC中老化和与年龄相关的表型的增加密切相关.
- 这些发现表明NK细胞与衰老的微环境之间的相互作用,提供了对HCC病原体和免疫疗法疗效的潜在生物标志物的洞察.
