基于质谱的临床蛋白质学自动化样本准备
Torsten Müller1,2, Mauro A Cremonini3, Georg Kliewer1,2
1German Cancer Research Center (DKFZ), Heidelberg, Germany.
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
|September 4, 2023
概括
使用autoSP3自动化样本准备可以提高基于质谱 (MS) 的蛋白质组的可重复性. 这种精简的工作流程有效地处理大量临床样本,以改善疾病诊断和治疗开发.
科学领域:
- 生物化学 生物化学
- 分析化学 分析化学
- 临床蛋白质组学 临床蛋白质组学
背景情况:
- 基于质谱 (MS) 的蛋白质组学对于临床标本的分子分析至关重要.
- 预分析样本处理的可重现性是一个主要障碍,特别是在大型或有限样本队列中.
- 目前的方法需要改进,以适用于常规的临床应用.
研究的目的:
- 开发一套简化,自动化的临床样本准备工作流程.
- 提高临床标本蛋白质组分析的可复制性和效率.
- 为了使各种样品类型的高吞吐量处理.
主要方法:
- 开发自动化超声波和单固相增强样品制备 (autoSP3).
- 将组织溶解,蛋白质提取,清洁和蛋白质分解整合到一个单一的工作流程中.
- 使用自动化液体处理平台同时处理96个样本.
主要成果:
- 通过AutoSP3,可以同时处理96个不同类型的临床样本 (组织,液体活检,细胞).
- 工作流整合了所有样品制备步骤,从溶解到蛋白质溶解.
- 与LC-MS的直接接口允许高灵敏度和可重复性进行蛋白质组分析.
结论:
- 使用autoSP3自动化样品制备显著提高了基于MS的蛋白质组学中的可重复性.
- 自动SP3 工作流提供了一种简化,高通量解决方案,用于临床蛋白质基因分析.
- 该方法通过高效的样本处理加速疾病分类,诊断和治疗开发.
