鉴定和评估与人类牙周炎相关的不同表达的亡长非编码RNA
Jiangfeng He1, Zhanglong Zheng2, Sijin Li1
1Department of Orthodontics, Stomatological Hospital and Dental School of Tongji University, Shanghai Engineering Research Center of Tooth Restoration and Regeneration, Shanghai, 200072, China.
BMC oral health
|September 4, 2023
概括
这项研究确定了10个与核心亡相关的长非编码RNA (lncRNAs) 影响牙周炎免疫透. 基于这些lncRNAs的分类器显示了牙周炎诊断的高准确性,提供了新的治疗点.
科学领域:
- 口腔生物学和免疫学
- 分子瘤学分子瘤学
- 基因组学和生物信息学
背景情况:
- 牙周炎是一种普遍的口腔疾病,涉及复杂的免疫反应和免疫细胞透到牙周微环境中.
- 遗传亡,一种编程细胞死亡形式,与牙周炎的进展有关,但与之相关的长非编码RNA (lncRNAs) 在诊断和治疗应用方面仍未得到充分研究.
研究的目的:
- 为了确定与牙周炎相关的新型亡相关的lncRNAs (ncRNAs).
- 开发一种基于这些 lncRNAs 的牙周炎诊断分类器.
- 调查已识别的 lncRNA 和牙周炎免疫微环境之间的相关性.
主要方法:
- 使用了基因表达综合 (GEO) 数据用于牙周炎和健康队列.
- 应用主要组件分析 (PCA),微阵列数据线性模型 (limma) 和LASSO算法用于选与核心亡相关的lncRNAs.
- 使用后勤回归构建了牙周炎分类器,并使用接收器操作特征 (ROC) 曲线评估了其性能.
- 使用CIBERSORT和ssGSEA评估免疫细胞透和通路激活,并通过RT-qPCR验证了lncRNA表达.
主要成果:
- 已经确定了10个与核心亡相关的lncRNAs (EPB41L4A-AS1,FAM30A,LINC01004,MALAT1,MIAT,OSER1-DT,PCOLCE-AS1,RNF144A-AS1,CARMN,LINC00582) 已被发现.
- 开发了一种牙周炎分类器,该分类器的曲线下面面积 (AUC) 高达0.952,表明了出色的预测性能.
- 证明这些10个lncRNAs显著影响牙周炎中的免疫细胞透.
- 通过RT-qPCR检测证实了已识别的lncRNAs的表达水平与微阵列分析一致.
结论:
- 10个已识别的lncRNA与牙周炎的免疫透有显著的关联.
- 基于这些lncRNAs的分类器对牙周炎具有很高的诊断效率.
- 这些lncRNAs代表了对牙周炎的诊断和治疗有前途的新目标.
