与骨关节炎中PANoptosis相关的生物标志物的开发和验证
1First Clinical Medical College, Shandong University of Traditional Chinese Medicine, Jinan, China. Sunludr@163.com.
European review for medical and pharmacological sciences
|September 5, 2023
概括
这项研究确定了三种关键基因NFKBIA,RNF34和SERINC3参与PANoptosis作为骨关节炎 (OA) 的潜在生物标志物. 这些发现为OA患者提供了新的诊断和治疗途径.
科学领域:
- 整形外科 整形外科 整形外科
- 分子生物学分子生物学
- 免疫学 免疫学 免疫学
背景情况:
- 骨关节炎 (OA) 是一种普遍存在的骨科疾病,分子机制不明,特别是关于编程细胞死亡的途径.
- 对OA中转录基因水平变化的研究,重点关注热,亡和亡 (集体称为PANoptosis),是有限的.
研究的目的:
- 通过分析全转录组表达数据来识别OA的新生物标志物.
- 探索这些生物标志物与OA中的免疫微环境之间的关系.
主要方法:
- 利用了OA患者和对照组的基因表达综合 (GEO) 数据.
- 进行了差异基因表达分析和Venn图,以确定差异表达的PANoptosis相关基因 (DEPG).
- 采用LASSO,SVM-RFE和随机森林算法来进行特征基因选择,通过ROC曲线验证. 进行了免疫透分析和外部数据集验证.
主要成果:
- 鉴定了62个DEPG,富含在亡和TNF信号通路中.
- 选择了三个诊断基因:NFKBIA,RNF34和SERINC3,显示出高的诊断疗效 (AUC>0.7).
- 发现了RNF34与特定免疫细胞 (CD56dim NK细胞,Th17细胞) 和NFKBIA与等离子细胞状树突细胞之间的相关性. 在OA样本中,NFKBIA和SERINC3的调节下降,而RNF34的调节上升.
结论:
- 通过生物信息学分析确定了NFKBIA,RNF34和SERINC3作为与OA中PANoptosis相关的关键基因.
- 这些基因代表了OA诊断和治疗策略的有希望的新目标.
