四方蛋白质参考材料和数据集,用于对无标签蛋白质组的多平台评估
Sha Tian1, Dongdong Zhan2, Ying Yu1
1State Key Laboratory of Genetic Engineering and Collaborative Innovation Center for Genetics and Development, School of Life Sciences, Institutes of Biomedical Sciences, Human Phenome Institute, Zhongshan Hospital, Fudan University, Shanghai, 200433, China.
Genome biology
|September 6, 2023
概括
开发了一种新的蛋白质基因参考材料,即四方标准,用于评估使用无标签液体染色学-并联质谱法 (LC-MS/MS) 的定量蛋白质基因的可重复性. 该标准有助于提高不同实验室和仪器的蛋白质组学研究的可靠性.
科学领域:
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 质谱测量质量谱测量
- 生命科学 生命科学
背景情况:
- 定量蛋白质组学在生命科学中至关重要.
- 需要参考材料来评估无标签液体染色学-并联质谱 (LC-MS/MS) 测量的可重复性.
- 目前的方法缺乏跨多种仪器和实验室的标准化评估.
研究的目的:
- 开发一种蛋白质组参考材料,四重奏标准,具有固有的准确性.
- 评估定量蛋白质组学在多个实验室和仪器中的可重复性.
- 为了生成蛋白质组学的基准数据集.
主要方法:
- 开发了四方标准,一种蛋白质组参考材料.
- 在中国的15个实验室分发了相同的配额.
- 使用九个传统的LC-MS/MS平台进行分析.
- 在816个质谱档案中分析了超过12,000种蛋白质.
主要成果:
- 通过对比定量蛋白质组学数据,在仪器和实验室中进行可重复性.
- 生成的蛋白质组学基准数据集.
- 观察到蛋白质组的广泛动态范围 (大约7个数量级).
- 发现注射顺序显著影响了定量,但不是定性特征.
结论:
- 四方标准为蛋白质组学提供了有价值的参考材料.
- 开发的数据集有助于改善蛋白质组分析的质量控制.
- 提高了定量蛋白质组学研究结果的可复制性和可靠性.
