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Updated: Jul 17, 2025
11:26
Sequencing of mRNA from Whole Blood using Nanopore Sequencing
Published on: June 3, 2019
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针对性测序分析管道用于人类病原性真菌的物种识别,使用长期读取的纳米孔测序
Nattapong Langsiri1, Navaporn Worasilchai2,3, Laszlo Irinyi4,5,6
1Medical Microbiology, Interdisciplinary Program, Graduated School, Chulalongkorn University, Bangkok, Thailand.
IMA fungus
|September 6, 2023
概括
纳米孔测序为准确的真菌鉴定提供了一个有希望的解决方案,即使在混合感染中也是如此. 使用NanoCLUST管道的新工作流有效地从全长的内部转录间隔器 (ITS) DNA序列中识别真菌物种.
科学领域:
- 菌类学 菌类学是指菌类学.
- 基因组学就是基因组学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 内部转录间隔器 (ITS) 区域的桑格测序是真菌识别的标准,但无法检测混合感染.
- 高通量测序技术正在探索,以克服桑格测序的局限性.
- 纳米孔测序为全长ITS测序提供了长读能力.
研究的目的:
- 建立和评估用于真菌物种识别的纳米孔测序工作流.
- 评估修改后的NanoCLUST管道用于分析纳米孔产生的ITS序列的有效性.
- 为了确定数据集亚抽样是否影响真菌识别的准确性.
主要方法:
- 使用纳米孔技术对真菌分离物 (包括Candida,Nakaseomyces,Trichosporon,Pichia和Cryptococcus物种) 进行了测序.
- 用各种方法分析生成的ITS序列,包括修改的NanoCLUST,Canu和VSEARCH.
- 模拟混合物种数据集被创建以模拟混合感染.
- 进行了数据集子抽样,以评估其对识别准确性的影响.
主要成果:
- 与Canu和VSEARCH相比,修改后的NanoCLUST管道在从纯样和混合样本中识别真菌物种时表现出更高的灵敏度.
- 纳米CLUST精确地分类了比VSEARCH (10%) 较少的丰度集群 (3%) 的物种.
- 数据集亚抽样没有显著改变物种识别准确性,查询覆盖范围或百分比身份.
结论:
- 纳米孔测序与改进的NanoCLUST管道相结合,为真菌物种识别,包括混合感染提供了一种敏感且高效的方法.
- 这种工作流简化了数据分析,减少了计算需求.
- 该方法促进了用于临床和研究应用的真菌序列数据的改进解释.
