通过单细胞RNA测序,明确检测SARS-CoV-2亚基因组mRNAs
Phillip Cohen1, Emma J DeGrace1, Oded Danziger1
1Department of Microbiology, Icahn School of Medicine at Mount Sinai , New York, New York, USA.
Microbiology spectrum
|September 7, 2023
概括
优化单细胞RNA测序 (scRNA-Seq) 方法可以检测更多的SARS-CoV-2RNAs. 这种方法增强了对单个细胞中的病毒RNA生物学和病变发生的研究.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 病毒学 病毒学
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 单细胞RNA测序 (scRNA-Seq) 提供了有关SARS-CoV-2病原学的见解.
- 现有的scRNA-Seq方法没有优化用于检测病毒RNA,特别是亚基因组mRNA (sgmRNA).
- 在单细胞分辨率下精确量化病毒RNA对于理解宿主病毒相互作用至关重要.
研究的目的:
- 为了比较scRNA-Seq库准备方法用于SARS-CoV-2RNA检测和量化.
- 开发和验证用于定量病毒RNA的数据处理工作流 (scCoVseq).
- 为了使冠状病毒RNA生物学和病变发生的高分辨率研究.
主要方法:
- 10X Genomics Chromium Next GEM单细胞3' (10X 3') 和10X 5'图书馆与标准和扩展读取1 (R1) 配置的比较.
- 开发用于量化病毒sgmRNA和基因组RNA (gRNA) 的单细胞冠状病毒测序 (scCoVseq) 工作流程.
- 对scRNA-Seq结果与SARS-CoV-2分析的大量RNA-Seq数据的验证.
主要成果:
- 扩展R1序列的10X 5'库最大化了跨越领导者-sgmRNA结点的明确阅读.
- scCoVseq 工作流与 10X 5' 扩展的 R1 库相结合,产生了每个细胞中病毒 UMI 的最高数量.
- SARS-CoV-2 基因表达水平在感染细胞之间高度相关,表明一致的 sgmRNA 比例.
结论:
- 10X 5'扩展R1库准备/测序和scCoVseq数据处理的组合可在单细胞分辨率下稳定量化冠状病毒sgmRNA表达.
- 这种优化的方法增强了对单个细胞中的病毒RNA生物学和病变发生的研究.
- 这些发现支持对COVID-19期间宿主病毒相互作用的高分辨率调查.
