使用Twist生物科学呼吸道病毒研究小组和OneCodex呼吸道病毒序列分析工作流程评估呼吸道病毒的序列杂交

科学领域:

• 医学诊断 医学诊断 医学诊断
• 病毒学 病毒学
• 生物信息学是一种生物信息学.

背景情况:

• 呼吸道病毒感染对全球健康构成重大挑战.
• 迫切需要快速,负担得起和可扩展的诊断测试,提供基因组级别的病毒变异信息.
• 目前的PCR测试缺乏菌株水平变异数据,而转基因组学则面临来自宿主遗传物质的挑战.

研究的目的:

• 评估商业诱捕获方法 (Twist生物科学呼吸系统病毒研究小组) 与特定的生物信息工作流 (OneCodex) 结合的性能.
• 将这种诱捕获方法与使用模拟和患者样本的验证多重PCR诊断测试 (BioFire FilmArray) 进行比较.
• 确定用于呼吸道病毒表征的诱捕获工作流程中的限制和优化领域.

主要方法:

• 对商业诱捕获方法 (Twist Bioscience) 和生物信息工作流程 (OneCodex) 与多重PCR试验 (BioFire FilmArray) 的比较分析.
• 利用模拟 (对照) 和真实世界患者呼吸道样本进行对对头评估.
• 评估工作流修改 (缩短时间,增加吞吐量) 对测试性能的影响.

主要成果:

• 结合的Twist Bioscience/OneCodex方法表现出有限的敏感性和特异性.
• 当工作流程时间缩短,样本吞吐量增加以降低成本时,观察到性能下降.
• 确定了对性能限制的潜在贡献因素,包括实验室丰富能力,生物信息数据库限制和调用值.

结论:

• 评估的诱捕获工作流需要显著的优化,然后才能在常规医疗保健环境中可靠地实现呼吸道病毒的表征.
• 目前对灵敏度,特异性和可扩展性的局限性阻碍了其立即的诊断实用性.
• 需要进一步的研究来解决实验室程序和生物信息学分析中发现的挑战.