全基因组测序用于使用纳米孔技术快速表征狂犬病病毒
Criselda Bautista1, Gurdeep Jaswant2, Hollie French3
1School of Biodiversity, One Health & Veterinary Medicine, University of Glasgow; Research Institute for Tropical Medicine.
Journal of visualized experiments : JoVE
|September 7, 2023
概括
狂犬病的基因组监测现在可以在资源较少的环境中使用快速,负担得起的纳米孔测序工作流程来实现. 这项技术有助于追踪疾病传播,实现全球狂犬病控制目标.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 流行病学 流行病学
- 公共卫生 公共卫生
背景情况:
- 基因组监测对于跟踪传染病至关重要,但许多低收入和中等收入国家 (LMICs) 的测序能力有限.
- 狂犬病由狗和像吸血鬼蝙蝠这样的野生动物传播,在LMICs中提出了重大的公共卫生和经济挑战.
- 现有的基因组监测方法可能过于昂贵或复杂,无法在资源有限的环境中广泛实施.
研究的目的:
- 开发和验证用于狂犬病病毒基因组监测的快速,负担得起和可访问的样本到序列到解释工作流.
- 为了使LMIC能够建立本地基因组狂犬病监测能力.
- 支持全球努力消除人类狂犬病死亡和监测野生动物狂犬病.
主要方法:
- 利用纳米孔技术对狂犬病病毒的全基因组测序.
- 优化多重聚合酶连锁反应 (PCR) 使用新的原料设计.
- 开发了一种低成本的图书馆准备方法,并采用了实时/离线的基础呼叫.
- 集成的公开可用的基因组工具 (GLUE,MADDOG) 用于数据分析和遗传学定位.
主要成果:
- 工作流程在2-3天内提供结果.
- 每个样品的成本从25美元到80美元不等,取决于运行的规模.
- 证明了成功实施,突出了当地部署的关键步骤.
- 工作流程使遗传谱系的指定和家族遗传学分析能够追踪疾病传播.
结论:
- 通过这种工作流程,在LMICs建立狂犬病病毒基因组监测是可行的.
- 该技术支持实现到2030年实现人类狂犬病死亡人数为零的全球目标的进展.
- 这种可适应的平台通过建立对其他病原体的多功能基因组能力来增强流行病和大流行病的准备.
