在TNBC组织样本中,使用GeoMxTMRNA测定方法对具有高和低CAIX表达的瘤进行空间转录组分析

科学领域:

• 在瘤学瘤学.
• 分子生物学分子生物学
• 基因组学就是基因组学.

背景情况:

• 由于有限的向疗法,三阴性乳腺癌 (TNBC) 构成了重大的临床挑战.
• 碳酸无酶IX (CAIX) 涉及瘤进展,并可能作为预后标志物.

研究的目的:

• 调查碳酸无水酶IX (CAIX) 在三阴性乳腺癌 (TNBC) 的预后意义.
• 为了识别与TNBC瘤和瘤中CAIX表达相关的基因特征.

主要方法:

• 在136个TNBC患者组织微阵列 (TMA) 上,针对CAIX的免疫组织化学 (IHC).
• 在52名TNBC患者的子集上进行数字空间分析 (DSP) 分析,以识别瘤和 stromal 分区中的差异表达基因 (DEG).
• 通过IHC验证选择的基因蛋白表达.

主要成果:

• 高细胞质CAIX表达是TNBC患者无复发生存率差的独立预测因子 (HR=6.59,P=0.014).
• DSP在瘤中发现了4个上调基因 (CD68,HIF1A,泛黑色素细胞,VSIR) 和9个下调基因 (CD86,CD3E,MS4A1,BCL2,CCL5,NKG7,PTPRC,CD27,FAS) 在与CAIX水平相关的层体中.
• 瘤中高CD68和HIF-1α蛋白表达与预后较差相关,而高 stromal BCL2和CD3表达表明预后良好.

结论:

• 在TNBC中,CAIX表达是显著的预后因素.
• DSP技术成功识别了与CAIX状态相关的瘤和 stromal 基因特征.
• 需要进一步的功能性研究来阐明已识别的基因 (CD68,HIF-1α,BCL2,CD3) 在TNBC病变发生过程中的作用.