CUT&Tag用于绘制植物中的活体蛋白质-DNA相互作用的映射
1National Key Laboratory of Crop Genetic Improvement, Hubei Hongshan Laboratory, Huazhong Agricultural University, Wuhan, China. wzouyang@mail.hzau.edu.cn.
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
|September 8, 2023
概括
我们介绍了核CUT&Tag (nCUT&Tag),这是一种更快,更有效的方法,用于绘制植物中的基因素修饰和转录因子结合位点的映射. 这种技术可以从低输入样本 (包括单细胞) 进行高分辨率的染色体分析.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 遗传学 遗传学 是一个
- 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
背景情况:
- 基因表达受组织素翻译后修饰和转录因子 (TFs) 的调节.
- 对染色体特征的全基因组映射对于理解转录调节至关重要.
- 像ChIP-seq这样的现有方法可能很耗时,需要大量的细胞输入.
研究的目的:
- 描述一个详细的核CUT&Tag (nCUT&Tag) 协议,用于在植物中高效地绘制染色体特征.
- 为传统的ChIP-seq提供替代方案,提高效率和灵敏度.
- 为了能够从低输入和单细胞样本中分析染色质特征.
主要方法:
- 开发了核CUT&Tag (nCUT&Tag),一种抗体引导的在位蛋白-DNA相互作用映射方法.
- 使用的蛋白质A/G融合Tn5转化酶用于标记.
- 适应了植物核的协议,省略了超声波和免疫沉的步骤.
主要成果:
- 与标准的ChIP-seq.q.相比,nCUT&Tag显著减少了协议时间.
- 该方法实现了更高的信号噪声比.
- 从低输入和单细胞样本中有效地分析染色质特征.
结论:
- nCUT&Tag提供了一种快速而灵敏的方法,用于植物中全基因组染色体分析.
- 这种方法通过绘制基因组修饰和TF结合位点来促进对转录调节的更深入的理解.
- nCUT&Tag适用于各种应用,包括单细胞表观基因组学.
