来自配对样本的转录组提高了全面的COVID-19宿主-病毒表征能力
Ognjen Milicevic1, Ana Loncar2, Dzihan Abazovic3
1Institute for Medical Statistics and Informatics, Faculty of Medicine, University of Belgrade, 11000 Belgrade, Serbia.
International journal of molecular sciences
|September 9, 2023
概括
配对鼻和血液样本显著增强了COVID-19研究. 与未配对分析相比,这种方法揭示了更全面的转录特征和潜在的药物标.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 传染性疾病 传染性疾病
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 急性COVID-19与基因上调和途径改变有关.
- 随着时间的推移,COVID-19中的转录变化仍然未得到充分探索.
- 识别宿主拼接配置文件可以揭示治疗目标.
研究的目的:
- 在配对的COVID-19样本中进行病毒转基因组学和分析宿主基因表达.
- 评估急性感染与已治愈感染中的转录特征.
- 通过宿主拼接特征分析,识别潜在的治疗点.
主要方法:
- 来自18名COVID-19患者的配对鼻和血液样本的前性分析.
- 使用的生物信息学工具:卡利斯托,Supa2,离心机,EdgeR,PantherDB和L1000CDS2.2.
- 进行病毒转基因组学和差异基因表达分析.
主要成果:
- NPS样本显示了6个改变的拼接基因和40个差异表达基因 (DEGs),影响了88条通路.
- 血液样本显示了15个替代拼接的基因.
- 配对分析发现了78个基因和242个通路,产生了候选药物组合,其重叠率为65%;未配对的DEG分析效率较低.
结论:
- 血液和鼻抽样的对分析对于全面的COVID-19转录研究至关重要.
- 这种方法最大限度地提高了血液样本的效用,并确定了重要的临床见解和药物点.
- 正确设计的生物信息学分析对于药物开发和传染病研究至关重要.
