达菲抗原/化学因子受体的结构空间 化学因子的内在无序的外域1 通过温度复制-交换分子动力学模拟进行探索
Agata Kranjc1,2,3, Tarun Jairaj Narwani1,2, Sophie S Abby4
1Université Paris Cité and Université des Antilles and Université de la Réunion, BIGR, UMR_S1134, DSIMB Team, Inserm, F-75014 Paris, France.
International journal of molecular sciences
|September 9, 2023
概括
研究人员以计算方式建模了化学因子 (DARC) ECD1域的Duffy抗原受体,揭示了其动态的,主要是无序的结构. 这提供了对Plasmodium vivax疟疾寄生虫入侵机制的关键见解.
科学领域:
- 结构生物学是结构生物学.
- 寄生虫学的寄生虫学
- 计算生物物理学的计算生物物理.
背景情况:
- 每年有数百万人受到Plasmodium vivax疟疾的影响,寄生虫的入侵依赖于达菲结合蛋白 (PvDBP) 和达菲抗原化学因子受体 (DARC) 相互作用.
- DARC的N端外细胞域 (ECD1) 对PvDBP结合至关重要,但由于实验挑战,其结构和动态尚不清楚.
研究的目的:
- 以计算方式建模DARC ECD1域的局部结构和动态.
- 确定DARC ECD1的代表性构造,并了解它在宿主细胞入侵期间的结构性行为.
主要方法:
- 针对性复制品交换分子动力学 (T-REMD) 模拟被用于采样DARC ECD1.1的结构格局.
- 分析自由能量最小值以确定稳定的局部构造.
主要成果:
- DARC ECD1域主要存在于一个混乱的状态.
- 确定了稳定的球状局部构造,其特点是α-螺旋 (Ser18-Ser29) 和通常是反平行β-sheet (围绕Leu10和Ala49).
- 发现平行β表的形成是可以忽略不计的.
结论:
- 该研究提供了DARC ECD1最可能的结构构造,解决了结构信息上的差距.
- 这些发现将有助于推进DARC结构建模和探索DARC-ECD1与各种连接体的相互作用,可能揭示P. vivax疟疾的新治疗点.


