EasySSR:一个用户友好的网络应用程序,具有完整的命令行功能,用于大规模批量微卫星采矿和样本比较
Sandy Ingrid Aguiar Alves1, Victor Benedito Costa Ferreira1, Carlos Willian Dias Dantas2
1Laboratory of Biological Engineering, Biological Science Institute, Park of Science and Technology, Federal University of Pará, Belém, Brazil.
Frontiers in genetics
|September 11, 2023
概括
EasySSR是一个免费的,用户友好的网络工具,简化了基因组中的微卫星 (SSR) 的识别和比较. 它不需要生物信息学技能,使复杂的SSR分析可供所有研究人员使用.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 生物信息学是一种生物信息学.
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 微卫星 (SSR) 在基因组学,分子生物学和法医学中至关重要.
- 许多研究人员缺乏计算专业知识,这阻碍了他们使用SSR分析工具.
研究的目的:
- 开发一个用户友好的网络工具,EasySSR,用于可访问的SSR识别和比较.
- 为没有生物信息学技能的研究人员提供一种有效分析SSR的解决方案.
主要方法:
- 易SSR处理FASTA和可选的GENBANK文件进行SSR分析.
- 该工具可以在编码和非编码区域中识别完美和不完美的SSR.
- 它将SSR频率,图案和侧面序列进行批量比较.
主要成果:
- 易SSR通过Web界面提供命令行功能.
- 该工具生成可下载的输出,如PTT文件,交互式图表和Excel表.
- 分析和数据表格在几分钟内完成,为进一步研究做好准备.
结论:
- 通过消除对生物信息学专业知识的需求,EasySSR使SSR分析民主化.
- 该工具大大减少了研究人员在SSR数据处理上花费的时间.
- 易SSR是免费可用的,促进SSR研究的更广泛应用.
关键词:
批量批量批量批量批量生物信息学是一种生物信息学.这是一个比较的比较.基因组 基因组是基因组的组成部分.这是一个大规模的大规模.微卫星是微卫星中的一个.图案 图案 图案 图案网络工具 网络工具 网络工具更多相关视频
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