比较病理学工作台:生物医学数据的交互式视觉分析
Michael N Wicks1, Michael Glinka1, Bill Hill2
1Edinburgh Pathology & Centre for Comparative Pathology, Institute of Genetics & Cancer, University of Edinburgh, Crewe Road, Edinburgh EH4 2XR, UK.
Journal of pathology informatics
|September 11, 2023
概括
比较病理学工作台 (CPW) 是一个新的基于网络的工具,使病理学家能够动态比较组织病理学图像和分析数据. 这有助于跨学科和地点的复杂病例的协作诊断和解释.
科学领域:
- 数字病理学数字病理学
- 计算病理学计算病理学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 病理学家需要强大的工具来比较不同样本,病例和物种的组织病理图像.
- 现有的方法往往缺乏用于综合数据分析的动态,交互式比较功能.
研究的目的:
- 开发一个互动的,基于Web浏览器的系统,比较病理工作台 (CPW),用于动态图像和数据比较.
- 加强病理学家和其他专家之间的组织病理学数据的协作分析和解释.
主要方法:
- 设计CPW作为一个视觉分析平台,具有支持图像的"电子表格"布局,用于组织比较数据.
- 集成功能用于比较各种放大图像,感兴趣的区域和分析结果 (例如,scRNA-seq).
- 实现了一个基于Django的Web应用程序,具有用户管理和讨论线程 (通过WordPress) 进行协作注释.
主要成果:
- CPW允许直接,动态地比较基因病理图像和相关数据,包括图像分析输出 (QuPath, ImageJ).
- 该平台支持可配置用户权限 (仅读或编辑) 的共享访问.
- 综合讨论线程使全球专家能够进行协作解释和建立共识.
结论:
- 比较病理工作台 (CPW) 提供了一个新的,可访问的平台,用于先进的组织病理图像和数据比较.
- 通过共享分析和讨论,CPW促进跨学科的合作,提高诊断准确性.
- 开源性质和基于网络的可访问性促进了CPW在病理学研究和诊断中的广泛采用.
