抗微生物数据库有20年的历史:最近的发展和未来的方向
1Department of Pathology and Microbiology, College of Medicine, University of Nebraska Medical Center, Omaha, Nebraska, USA.
Protein science : a publication of the Protein Society
|September 11, 2023
概括
抗微生物数据库 (APD) 已更新,增加了新的数据和功能,以帮助开发抗微生物 (AMP) 针对耐药病原体. 重新注释的数据和新的类别提高了有效和安全的AMP的设计.
科学领域:
- 生物化学和分子生物学
- 计算生物学 计算生物学
- 药物发现 药物发现 药物发现
背景情况:
- 抗微生物数据库 (APD) 20年来一直是关键资源,对抗微生物 (AMP) 进行编目.
- 之前的工作详细介绍了APD在条目,分类和功能注释方面的扩展.
- 打击耐药病原体需要不断开发新型抗菌剂.
研究的目的:
- 突出APD中的新增和发现,重点关注最近的数据重新注释和新的类别.
- 通过提供用于对抗耐药病原体的增强数据来促进抗微生物 (AMP) 的开发.
- 通过对所需和不需要的AMP特征进行比较分析,使人们对酸设计有新的见解.
主要方法:
- 对抗菌活性,毒性 (溶血潜力) 和盐分耐受性的现有APD数据进行重新注释.
- 创建一个新的"预测"组,包括机器学习衍生的候选者.
- 在天然AMP,预测和合成之间对氨基酸组成的比较分析.
主要成果:
- 重新注释的数据为抗菌活性,毒性和盐耐受性提供了更清晰的区分,有助于选择有效和安全的AMP.
- "预测"的组,由机器学习提供信息,显示天然和合成之间中间的氨基酸组成.
- 与球状蛋白相比,天然的AMP表现出较高的氨酸,甘氨酸和氨酸,这归因于它们的两螺旋和二硫化物连接结构.
结论:
- APD20年累积的天然AMP数据为基于机器学习的基预测提供了至关重要的基础.
- 对AMP组的比较分析为优化新型抗微生物的设计提供了宝贵的知识.
- 预计APD将继续成为抗微生物发现和开发的研究和教育的重要资源.
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