鉴定和优化TDP1抑制剂的 antraquinone 和 chalcone 衍生物:共识评分虚拟查和分子模拟
Said Moshawih1, Hui Poh Goh1, Nurolaini Kifli1
1PAPRSB Institute of Health Sciences, Universiti Brunei Darussalam, Gadong, Brunei Darussalam.
Journal of biomolecular structure & dynamics
|September 12, 2023
概括
这项研究引入了一种新的虚拟查方法,结合多种方法来识别潜在的TDP1抑制剂. 达成共识的得分策略显著提高了命中率,暗示了有力的药物候选者.
科学领域:
- 计算化学是一种计算化学.
- 药物发现 药物发现
- 分子建模分子建模
背景情况:
- 虚拟查通过评估与蛋白质标的结合亲和力来识别候选药物.
- 现有的方法面临诸如培训组不平衡等挑战.
- TDP1蛋白是治疗干预的目标.
研究的目的:
- 开发一个综合的虚拟查方法来识别TDP1抑制剂.
- 通过结合基于结构和连接体的方法来提高命中率.
- 在虚拟选中评估共识评分的有效性.
主要方法:
- 基于结构和带的综合虚拟选 (QSAR,药,形状相似性,对接).
- 平行Z分数融合用于组合来自单个方法的分数.
- 分子动力学模拟 (MMGBSA) 用于稳定性评估.
- 结合方式的分析和与实验抑制度的相关性.
主要成果:
- QSAR模型显示了良好的R2值 (0.75-0.84);药理和形状相似性模型实现了高ROC值 (0.82-0.88).
- 协商一致的评分产生了最高的成绩,ROC为0.98,超过了单个方法.
- 优先考虑的化合物表现出稳定的结合模式,与共同结晶的配体和商业抑制剂相当.
结论:
- 共识评分是一种强大且可适应的虚拟选方法.
- 已识别的化合物显示出作为强大的TDP1抑制剂的前景.
- 建议进行进一步的实验验证,以确认这些发现.
