评估用于检测和表征抗微生物耐药性决定因素和相关可调动元素的元基因组组方法
Catrione Lee1, Rodrigo Ortega Polo2, Rahat Zaheer2
1Lethbridge Research and Development Centre, Agriculture and Agri-Food Canada, Government of Canada, 5403 1st Avenue South, Lethbridge, AB T1J 4B1, Canada; Department of Chemistry and Biochemistry, University of Lethbridge, 4401 University Drive West, Lethbridge, AB T3M 2L7, Canada.
这项研究开发了一种新的工作流程,使用枪头的元基因组数据将抗菌素耐药性基因 (ARG) 和移动遗传元素 (MGE) 联系起来. De novo组装证明有效地识别了整个One Health连续性的这些联系.
科学领域:
- 环境微生物学环境微生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 一个健康研究健康研究
背景情况:
- 抗菌素耐药性基因 (ARG) 通过移动遗传元素 (MGE) 传播,对公众健康构成风险.
- 监测ARG-MGE链接对于预测抗菌素耐药性 (AMR) 在One Health框架内至关重要.
- 现有的方法缺乏标准化,用于检测ARG,MGE及其协会.
研究的目的:
- 开发和评估一种工作流程,用于识别和关联ARG和MGE,使用枪支元基因组数据.
- 评估ARG-MGE链接分析的不同组装策略的有效性.
- 分析ARG和MGE在One Health连续体内的不同环境中的流行情况.
主要方法:
- 利用来自各种One Health样本 (牛便,料场水,农业土壤,废水流入) 的公开可用的枪甲基因组DNA短读数据.
- 将ARG和MGE目标组装与ARG-MGE协会的新组装进行了比较.
- 使用未组装的序列数据来估计已识别的元素的相对丰度.
主要成果:
- 针对ARG和MGE的组件不足以建立ARG-MGE连接.
- 连接的新组装提供了足够的序列背景,以成功地将ARG与MGE关联起来.
- 发现率保持不变,同时通过 de novo 组装来提高关联准确性.
结论:
- 新组装是识别元基因组数据中ARG-MGE联系的优越策略.
- 综合 de novo 组装和分析未组装的读数对于全面的 ARG-MGE 分析是必要的.
- 开发的工作流程有助于理解整个One Health连续性的AMR传播动态.
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