基于红血病中RNA甲基化基因的关键生物标志物的识别和验证
Qianqian Zhang1,2, Xiaowei Bao1,2, Mintian Cui3
1Department of Internal Emergency Medicine, Shanghai East Hospital, School of Medicine, Tongji University, Shanghai, China.
Frontiers in immunology
|September 13, 2023
概括
这项研究揭示了RNA甲基化基因参与败血症的发病,将败血症分为亚型,并确定了五个关键基因作为败血症潜在的诊断生物标志物. 这些发现为败血症内型和潜在的治疗点提供了新的见解.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 免疫学 免疫学 免疫学
- 遗传学 遗传学 是一个
背景情况:
- RNA甲基化在免疫调节中起作用,但其在败血症中的功能尚不清楚.
- 研究RNA甲基化相关基因 (RMG) 为败血症分类和诊断提供了潜在的途径.
研究的目的:
- 探索RNA甲基化相关基因 (RMG) 在分类败血症亚型中的作用.
- 根据RMGs识别出新的败血症诊断生物标志物.
主要方法:
- 使用了来自GEO数据库 (GSE57065,GSE65682,GSE95233) 的5种RMG类型 (m1A,m5C,m6Am,m7G, Ψ) 的基因表达数据.
- 使用无监督集群,CIBERSORT,WGCNA,GO和KEGG分析以确定败血症亚型,免疫透和生物功能.
- 应用机器学习算法 (RF,SVM,XGB,GLM) 来识别诊断RMG,并使用qRT-PCR和ROC分析在败血症患者的PBMC中验证其表达和诊断疗效.
主要成果:
- 败血症根据RMG表达形状被分为三个不同的亚型.
- 集群1显示NSUN7和TRMT6的高表达,与中性粒细胞激活和MAPK信号相关.
- 集群2突出了NSUN3,与mRNA稳定性和氨基酸代谢有关.
- 集群3显示NSUN5和NSUN6的升高,参与了核糖蛋白复杂生物发生和碳水化合物代谢.
- 五个RMG (NSUN7,NOP2,PUS1,PUS3,FTO) 被确定为潜在的败血症诊断生物标志物,其AUC值高 (0.7070.976).
- 验证证实了NSUN7,NOP2,PUS1,PUS3的上调和FTO的下调在败血症患者中.
结论:
- RNA甲基化基因的失调与败血症的发病有关,有助于分类败血症内型.
- 五个枢纽RMG (NSUN7,NOP2,PUS1,PUS3,FTO) 显示出作为新型诊断生物标志物和败血症治疗点的潜力.


