使用基因组测序来对产生卡巴酶的肠道细菌进行积极监测,用于医院感染控制干预
Andie S Lee1,2, Leanne Dolan3, Frances Jenkins4
1Departments of Infectious Diseases and Microbiology, Royal Prince Alfred Hospital, Sydney, Australia.
Infection control and hospital epidemiology
|September 13, 2023
概括
当地全基因组测序 (WGS) 可以快速检测产生卡巴酶的肠杆菌 (CPE) 疫情. 这使得可及时进行感染控制干预,大大提高了患者的安全性,并减少了医院内的传播.
科学领域:
- 临床微生物学 临床微生物学
- 基因组流行病学基因组流行病学
- 传染病控制中的传染病控制
背景情况:
- 全基因组测序 (WGS) 对于描述医院爆发的产生卡巴酶的肠杆菌 (CPE) 是至关重要的.
- 集中WGS测试往往导致疫情响应的延迟.
- 当地测序服务提供了一个潜在的解决方案,可以及时获得结果.
研究的目的:
- 评估本地测序服务对医院需求及时响应的实用性.
- 评估实时WGS数据对感染控制策略的影响.
- 证明集成WGS在CPE常规监测中的价值.
主要方法:
- 来自临床,查和环境样本的所有碳烯酶产生肠道细菌 (CPE) 隔离物的未来全基因组测序 (WGS).
- 实时通知WGS结果传染病控制单位,临床医生和医院管理人员.
- 根据基因组数据和流行病学发现,改进感染控制干预措施.
主要成果:
- 在8年内从123名患者和5个环境样本中鉴定出141个CPE分离物.
- 检测到9个爆发,其中4个在高风险病房,其中最大的涉及NDM产生肠杆菌.
- 通过WGS发现了意想不到的传输链路,将门诊设置和设备识别为水库,导致针对性干预,阻止传输.
结论:
- 全基因组测序 (WGS) 现在是局部碳烯酶生成肠杆菌 (CPE) 控制的组成部分.
- 在临床上相关的时间框架内及时报告WGS优化了当地控制措施.
- 将WGS嵌入到常规监视中可以增强其对管理医院疫情的影响.
