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Updated: Jul 16, 2025
10:12
Measuring Spatial and Temporal Ca2+ Signals in Arabidopsis Plants
Published on: September 2, 2014
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在Arabidopsis thaliana中对奥斯莫斯和盐应激的定量时间过程分析使用短梯度多CV FAIMSpro Box DIACar DIA
M C Rodriguez Gallo1, Q Li1, M Talasila1
1Department of Biological Sciences, University of Alberta, Edmonton, Alberta, Canada.
Molecular & cellular proteomics : MCP
|September 13, 2023
概括
我们使用FAIMSpro和DIA开发了一种快速蛋白质学方法,在压力下量化Arabidopsis幼苗中的数千种蛋白质. 这种方法可以在一天内对植物进行深度蛋白质组分析.
科学领域:
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 植物生物学 植物生物学
- 质谱测量质量谱测量
背景情况:
- 定量蛋白质原子时间过程实验面临着平衡分析深度和速度的挑战.
- 像植物提取物这样的高度复杂的样本加剧了这种深度与速度的权衡.
- 高效分析植物蛋白质组需要优化高通量方法.
研究的目的:
- 评估FAIMSpro的多重补偿电压 (CV) 设置与基于Orbitrap的DIA相结合,以深入量化Arabidopsis thaliana幼苗蛋白质组.
- 为植物时间过程研究建立快速定量蛋白质组工作流.
- 为了研究在盐和透应激下,Arabidopsis幼苗的蛋白质层次变化.
主要方法:
- 使用了BoxCarDIA采集工作流与多CVFAIMSpro设置 (-30, -50, -70).
- 采用短21分钟的梯度为基于轨道飞行器的单射击DIA.
- 在24小时的压力治疗中,应用了优化的方法来分析Arabidopsis幼苗的芽和根.
主要成果:
- 在21分钟梯度内,在每个样本中始终量化了超过5000个Arabidopsis种子蛋白.
- 实现了每天约42个样本的吞吐量.
- 鉴定了>6400个芽和>8500个根蛋白群,共计近9700个独特的蛋白群,揭示了早期和晚期的应激反应.
结论:
- 开创了一个短梯度,多CV FAIMSpro BoxCarDIA获取工作流用于植物定量蛋白质组学.
- 展示了一种允许深度蛋白质组分析和高通量样本处理的方法.
- 这种工作流显著提高了在植物中进行定量蛋白质组时间过程实验的能力.
