来自巴基斯坦的HS相关的Pasteurella multocida血清型B:2菌株的基因组特征和比较基因组分析
Sadia Mahboob1, Nimat Ullah2, Muhammad Farhan Ul Haque3
1Health Biotechnology Division, National Institute for Biotechnology and Genetic Engineering College, Pakistan Institute of Engineering and Applied Sciences (NIBGE-C, PIEAS), Faisalabad, 38000, Punjab, Pakistan.
BMC genomics
|September 14, 2023
概括
来自巴基斯坦的Pasteurella multocida血清型B:2菌株的基因组分析揭示了常见的抗生素耐药性基因和关键毒性因子OmpH和PlpE的缺失. 这一发现有助于开发针对性诊断和治疗出血性败血症的治疗方法.
科学领域:
- 兽医微生物学 兽医微生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 牲畜疾病 牲畜疾病
背景情况:
- 出血性败血症 (HS) 是一种致命的牲畜疾病,由帕斯图雷拉多菌 (P. multocida) 引起,特别是血清型B:2和E:2.
- 血清型B:2在巴基斯坦等亚洲国家普遍存在,造成了严重的经济损失.
- 对于来自巴基斯坦的与HS相关的P. multocida菌株,基因组数据有限.
研究的目的:
- 为了基因组学地表征新的牛P.multocida血清型B:2来自巴基斯坦的分离物.
- 为了对巴基斯坦P. multocida菌株进行比较基因组分析.
- 了解HS相关P. multocida.的病变发生和毒性的遗传基础.
主要方法:
- 来自巴基斯坦的三种P. multocida血清型B:2菌株的全基因组测序.
- 基因组比较分析,包括9个公开可用的巴基斯坦菌株和一个参考菌株.
- 全基因组分析以评估基因组变异性并识别核心/辅助基因.
主要成果:
- 测序的菌株被确定为P. multocida血清型B,属于ST-122,缺乏等离子体,但含有prophages.
- 全基因组分析显示了高核心基因相似性,只有1%的核心基因与毒性,疾病和防御有关.
- 确定了常见的抗生素耐药性基因 (PBP3,EF-Tu),而OmpH和plpE在所有P. multocida B:2菌株中显著缺席.
结论:
- 巴基斯坦P. multocida B:2菌株中OmpH和PlpE的缺失是显著的,因为这些是已知的保护性抗原.
- 这些基因组数据可以为巴基斯坦的HS开发特定的诊断工具和治疗剂提供信息.
- 进一步的基因组研究对于了解和控制牲畜中P. multocida B:2感染至关重要.
