从Triticum aestivum cv.中提取1000个小麦外体项目SNP. 中国弹组件 RefSeq v1.0 到 RefSeq v2.1 的版本
Akshaya Vasudevan1,2, Sylvie Cloutier3,4
1Agriculture and Agri-Food Canada, Ottawa Research and Development Centre, Ottawa, ON, K1A 0C6, Canada.
BMC research notes
|September 14, 2023
概括
研究人员将小麦的一大单核酸多态化 (SNP) 数据集更新到最新的参考基因组,RefSeq v2.1. 这为小麦适应性研究提供了一个标准化,高密度的SNP资源.
科学领域:
- 植物基因组学 植物基因组学
- 小麦遗传学 小麦遗传学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- "1000个小麦外型项目"从890个小麦加入中生成了一个有价值的单核酸多态化 (SNP) 数据集.
- 这个数据集最初被定在国际小麦基因组测序联盟 (IWGSC) RefSeq v1.0组件上.
- 一个较新的,改进的参考基因组组,RefSeq v2.1,现在是面包小麦研究的标准.
研究的目的:
- 将现有的1000个小麦外来项目SNP数据集重新映射到当前的IWGSC RefSeq v2.1组件.
- 创建一个可靠,高密度的SNP数据集,与最新的面包小麦参考基因组保持一致.
- 通过使用标准化基因组资源,促进未来关于小麦适应和内进的研究.
主要方法:
- 使用 Liftoff 工具从 RefSeq v1.0 到 RefSeq v2.1.1 投影了超过 300 万个 SNP.
- 使用四个不同的侧边区域长度测试SNP投影,以确保一致的映射.
- 分析了在更新组合中的21个小麦染色体中映射的SNP的分布.
主要成果:
- 成功地对2,946,536个SNP进行了投影,这些SNP与RefSeq v2.1一致,其中2,799,166个被映射到正弦.
- 在RefSeq v1.0和v2.1.0之间,SNP分布在21个染色体中保持相似.
- 整合了 11,938 个从未固定 RefSeq v1.0 脚手架中的 SNPs 进入 RefSeq v2.1 组件的伪分子中.
结论:
- 开发了一个标准化,高密度的SNP数据集,准确地定位在IWGSC RefSeq v2.1面包小麦基因组组合上.
- 这一重新绘制的数据集解决了小麦研究界对当前可靠基因组资源的需求.
- 更新的SNP资源将支持关于小麦遗传学,适应和育种的先进研究.
相关概念视频
Genome-wide Association Studies-GWAS
13.6K
Genome-wide association studies or GWAS are used to identify whether common SNPs are associated with certain diseases. Suppose specific SNPs are more frequently observed in individuals with a particular disease than those without the disease. In that case, those SNPs are said to be associated with the disease. Chi-square analysis is performed to check the probability of the allele likely to be associated with the disease.
GWAS does not require the identification of the target gene involved in...
GWAS does not require the identification of the target gene involved in...
13.6K
Single Nucleotide Polymorphisms-SNPs
15.2K
A single nucleotide polymorphism or SNP is a single nucleotide variation at a specific genomic position in a large population. It is the most prevalent type of sequence variation found in the human genome. Point mutations that occur in more than 1% of the population qualify as SNPs. These are present once every 1000 nucleotides on an average in the human genome. Replacement of a purine with another purine (A/G) or a pyrimidine with another pyrimidine (C/T) is known as a transition. In contrast,...
15.2K


