单细胞转录组分析揭示了ccRCC的内异质性,并验证了MT2A在病变发生过程中的有效性

科学领域:

• 在瘤学瘤学.
• 基因组学就是基因组学.
• 免疫学 免疫学 免疫学

背景情况:

• 清细胞细胞癌 (ccRCC) 是最常见的癌,但其致癌性尚未完全理解.
• 瘤异质性显著影响癌症的进展,可以使用单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 来阐明.

研究的目的:

• 综合分析ccRCC的单细胞格局,重点关注瘤异质性,免疫细胞透和细胞进化.
• 确定预后基因并构建ccRCC.cc的预测模型.
• 调查MT2A在ccRCC癌症发生中的作用.

主要方法:

• 来自TCGA和Young等的scRNA-seq数据. 通过UMAP,t-SNE,卢旺集群和差异基因表达分析进行了分析.
• Monocle2用于伪时间序列分析,SCENIC用于转录因子分析.
• 实验验证包括Western blot,细胞计数套件-8和EdU测试,以评估MT2A的功能.

主要成果:

• 在瘤组织中观察到T/NK和B细胞的透率更高.
• 转录因子分析确定了CD8+T细胞中的EOMES和ETS1激活,以及myo-CAFs和i-CAFs的不同配置.
• 细胞轨迹分析揭示了三个不同的进化阶段,其中干扰素玛和炎症反应途径的功能丰富.
• 确定了两个分子亚型,集群2与晚期和免疫细胞丰富度相关.
• 基于17个已识别的基因的预后模型在多个队列中表现出高稳定性和准确性.
• 证实MT2A可以调节ccRCC细胞的增殖和迁移.

结论:

• 建立了ccRCC的详细单细胞景观,为细胞进化和分子亚型提供了洞察力.
• 为ccRCC开发了一个强大的预后模型.
• MT2A通过影响恶性细胞的增殖和迁移,在ccRCC致癌过程中发挥着重要作用.