构建异构的单细胞景观,并确定初级和淋巴转移性头甲状腺状细胞癌的微环境分子特征

科学领域:

• 在瘤学瘤学.
• 免疫学 免疫学 免疫学
• 基因组学就是基因组学.

背景情况:

• 头部和部状细胞癌 (HNSCC) 占头部和部瘤的90%以上.
• 了解瘤微环境对于HNSCC进展和治疗耐药性至关重要.

研究的目的:

• 使用单细胞和批量转录基因数据构建初级和转移性HNSCC的异质景观.
• 确定瘤微环境的分子特征和细胞-细胞相互作用.
• 发现不同的细胞群和它们在塑造免疫微环境中的作用.

主要方法:

• 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和来自23个初级和转移性HNSCC样本和546个TCGA HNSCC样本的大量转录组数据.
• 使用Monocle进行细胞分类,使用CellPhoneDB进行细胞与细胞相互作用分析,并使用Infercnv.v.进行拷贝数变异 (CNV) 推断.
• 重新评估大量RNA转录组数据,以表征HNSCC免疫微环境中的细胞类型功能.

主要成果:

• 结合了家谱重建,CNV推断和细胞相互作用,揭示了不同的细胞群和分化轨迹.
• 在T细胞上发现PD-1/PD-L1/PD-L2的罕见表达,KLRB1-CLEC2D的高表达.
• 发现了与患者预后相关的三种基于微环境的新型HNSCC亚型.

结论:

• 这项研究剖析了原发性和转移性HNSCC中的内异质性和免疫微环境.
• 这些发现对于理解HNSCC中免疫疗法耐药机制至关重要.
• 预计结果将有助于进一步调查HNSCC细胞转移,并指导临床治疗策略.