来自非小细胞肺癌的微阵列数据的综合生物信息学分析
Lulu Feng1, Wenping Cai2, Shan Jin3
1Treatment of Central Asia High Incidence Diseases (First Affiliated Hospital, School of Medicine, Shihezi University). fenglulu1996@163.com.
Cellular and molecular biology (Noisy-le-Grand, France)
|September 16, 2023
概括
这项研究确定了关键的微RNA (miRNA) 和参与非小细胞肺癌 (NSCLC) 发展的基因. 这些发现为NSCLC治疗提供了潜在的新生物标志物和治疗点.
科学领域:
- 在瘤学瘤学.
- 分子生物学分子生物学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 非小细胞肺癌 (NSCLC) 由于高死亡率,缺乏早期诊断标志物和转移而带来重大挑战.
- 对NSCLC的有效治疗策略有限,需要确定新的生物标志物和治疗点.
研究的目的:
- 在NSCLC中识别潜在的microRNAs (miRNAs) 和关键基因,以发现新的生物标志物和向基因疗法.
- 阐明 NSCLC 病原性背后的调控网络.
主要方法:
- 使用的基因表达综合 (GEO) 数据集 (GSE102286,GSE56036,等等) 通过使用GEO2R和R.选差异表达的miRNAs (DE-miRNAs) 和lncRNAs (DElncRs).
- 通过使用String,Funrich和Cytoscape进行了途径丰富分析,构建了蛋白质-蛋白质相互作用 (PPI) 和竞争性内源RNA (ceRNA) 网络.
- 确定了枢纽基因和miRNA-枢纽基因相互作用.
主要成果:
- 从五个NSCLC数据集中选了19个共同表达的DE-miRNA.
- 确定了7683个预测的DE-miRNA点基因,在与癌症相关的途径中显著丰富.
- 突出了MYC,EGFR,HSP90AA1,TP53和ACTB作为PPI网络中的顶级枢纽基因.
- 确定了hsa-miR-21,hsa-miR-141,hsa-miR-200b,hsa-miR-30a,hsa-miR-30d和hsa-miR-145作为枢纽基因的关键调节者,hsa-miR-141和hsa-miR-145在调节网络中占据着重要地位.
结论:
- 已识别的miRNAs,包括hsa-miR-21,hsa-miR-141,hsa-miR-200b,hsa-miR-30a,hsa-miR-30d和hsa-miR-145,为了解NSCLC发育提供了一个理论基础.
- 这些发现表明NSCLC治疗的潜在新生物标志物和治疗点.
